bedtools intersect可以对两个基因组特征 (genomic features) 进行overlap，找到两者重合的区域。比如求两个peaks的交集，或者看很多...
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bedtools intersect用法 (intersectBed) -
使用deeptools计算ChIP-seq样本之间的相关性整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 当我们需要评估ChIP-seq类测序数据的相关性时，deeptools[...
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@1de241d8bbe1 感谢指出问题
2020-01-23 RSEM转录组RNA-seq测序分析实操
测序数据的质控和过滤 见上一篇论文 https://www.jianshu.com/p/0a8461b1ea7a[https://www.jianshu.com/p/0a84...
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「工具」使用BETA整合分析ATAC-seq/ChIP-seq和RNA-seq数据BETA 网址: http://cistrome.dfci.harvard.edu/BETA/tutorial.html 功能介绍 数据准备： peak bed file d...
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CellChat三部曲1：使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析CellChat三部曲1：使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析 自从周运来在简书写了一篇cellchat的中文介绍教程，然后R包作者也在B站做了直播介绍，cel...
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使用deeptools生成ChIP-seq信号热图与谱图整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 deeptools 提供了computeMatrix命令以计算特定基因组...
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git clone [https://github.com/libuv/libuv.git](https://github.com/libuv/libuv.git)
cd libuv/
./autogen.sh
./configure --prefix=/your/path/ ##这里不指定路径后边编译会出错，至少我是这样
make
make install
####编译完成后，将lib路径加入环境变量
#方法一：
export LD_LIBRARY_PATH=LD_LIBRARY_PATH:/XXX #但是退出当前终端后就失效
#方法二：
修改~/.bashrc或~/.bash_profile或系统级别的/etc/profile
./configure --prefix=/your/path/ 这一步指定你的路径了吗？至少是有权限的路径2021-05-27 R包安装问题记录贴
V8安装： 需要一个静态库。解决方法如下：在R命令行中输入 fs安装 最近使用R包“DiffBind”分析数据，在安装依赖包“fs”时一直报错，命令行如下： 错误及解决方法如...
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R 数据可视化 —— ggraph 图形创建与布局前言 在前面几节，我们对 igraph 进行了一些简单介绍。接下来我们要介绍的是 ggraph 包的使用 通常，ggraph 会和 tidygraph 一起搭配使用，这两个包...
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ggplot堆叠图无缝拼接(自写一个简洁堆叠小提琴图函数）事情的起因是我要复现一个文章的堆叠小提琴图，只不过堆叠小提琴用的是Split小提琴图，不仅展示细胞中基因的表达，也将分组展示了。首先堆叠小提琴图Seurat VlnPlot函...
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Nature：WGBS揭示最全正常人类细胞类型的综合DNA甲基化图谱DNA甲基化是一种基本的表观遗传标记，可以调控基因表达和染色质组装，从而为研究细胞身份和发育过程提供了重要视角。当前已有的数据集通常只包括部分甲基化位点，并且常常基于在培养过...
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TO-GCN#软件下载 GitHub - petitmingchang/TO-GCN: Pipeline of time-ordered gene coexpression networ...
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生信分析：两条件时间序列转录组的基因共表达网络前一篇推送为大家解读了2019年发表的PNAS文章，介绍了如何利用两组时间序列转录组数据构建特定的基因共表达网络以及利用这个网络可以得到哪些信息。 这一期推送聚焦于具体的分析...
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可变剪切——可变剪接及其表观遗传调控
Original 表观遗传学习小组 Epigenetics表观遗传学 本文根据 2016 年 8 月复旦大学倪挺教授在「表观基因组学暑期国际讲习班」中的报告整理而成，本文采用...
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RNAseq转录组分析流程：fastp+hisat2+samtools+featureCounts+DESeq2
使用工具 fastp(质控), hisat2(比对), samtools(sam文件转bam文件), featureCounts(count计数), DESeq2(差异分析)...
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1.CUT&Tag 数据分析实战（1）跟着官网[https://yezhengstat.github.io/CUTTag_tutorial/]学习CUT&Tag数据分析，参考：protocol[https://w...
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GO-plot:超好看的GO富集可视化以下代码均来自GO-plot的manual（GOplot (wencke.github.io)[https://wencke.github.io/]）。GO-plot用条形图...
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【生信实战】只会GO/KEGG，何不试试Reactome数据库进行富集分析REACTOME 是一个开源、放开、人工整理并经过同行评审的通路数据库。目标是为各个通路提供可视化、可解释的分析，以支持基础研究、临床研究、基因组分析、建模、系统生物学等。 ...
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可变剪切分析及可视化可变剪切的可视化 ggsashimi.py 从github https://github.com/guigolab/ggsashimi[https://github.com/...
