13 个免疫功能的富集评分 28 个免疫细胞的富集评分 ESTIMATE评分、免疫评分和基质评分 HLA分子在高低风险组中的表达 高低风险组免疫检查点相关基因

13 个免疫功能的富集评分 28 个免疫细胞的富集评分 ESTIMATE评分、免疫评分和基质评分 HLA分子在高低风险组中的表达 高低风险组免疫检查点相关基因
前期找到目的基因后,对目的基因做药物预测。将预测得到的结果,导入cytoscape软件,绘制靶点-化合物网络图。DSigDB(http://dsigdb.tanlab.org...
功能富集分析是生物信息学中常用的方法,用于从高通量数据(如转录组、蛋白质组等)中识别显著富集的生物学功能或通路。KEGG和GO是两种最常用的功能注释数据库。 GO富集分析 K...
临床特征相关性分析是指通过统计方法或可视化手段,探索不同临床特征(如年龄、性别、病理分期、风险评分等)之间的关系,以及这些特征与患者结局(如生存时间、生存状态等)的关联。这种...
一、使用 NetworkAnalyst 数据库预测关键基因相关的 TFs 访问 NetworkAnalyst 数据库:输入 NetworkAnalyst 数据库的网址(htt...
基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA) 是一种用于分析基因表达数据的统计方法,旨在确定一组功能相关的基因(即基因集)是否在某种...
双样本孟德尔随机化(Two-Sample Mendelian Randomization, Two-Sample MR) 是一种利用遗传变异(通常是 SNPs)作为工具变量(...
ggsave(filename, # 文件名(包括路径和扩展名)plot = last_plot(), # 要保存的图形对象,默认为最近绘制的图形device =...
patchwork 是一个用于 R 语言的包,专门用于将多个 ggplot2 图形组合在一起。它提供了简单而灵活的语法,我们可以轻松地将多个图形拼接成一个复杂的布局。patc...
这段代码的主要目的是从TCGA(The Cancer Genome Atlas)数据库中获取肝癌(LIHC)的表达数据,并提取所需临床信息。
在R语言中,读取和导出文件是数据分析和处理的基础操作。以下是常见文件格式(如txt、csv、xlsx、gz等)的读取和导出函数及其用法: 1. 读取和导出文本文件(.txt)...
代码的主要目的是从GEO数据库中下载基因表达数据GSE42127,并进行数据预处理,包括表达矩阵的提取、ID转换、基因符号的标准化、生存数据的处理等。总代码在最后,复制即可用...
方法一:代码下载(网络支持的情况下) 结果如下: getmrnaexpr函数的主要特点介绍: 1.只需要提供正确的TCGA project名字即可;2.自动下载并整理mRNA...
导入每个样本数据(示例在文末)并创建 Seurat 对象。定义了两组样本名称,分别是 A_samples(实验组样本)和 C_samples(对照组样本),然后将这两组样本名...
intersect()交集、union()并集、setdiff()差集 x%in%y 判断x的每个元素在y中是否存在 %in%与 == 的区别==:要一对一进行比较 (同...
rep函数 在 R 语言中,rep() 函数用于重复向量中的元素。它有两个主要参数 each 和 times,用于控制元素的重复方式。下面分别解释这两个参数的用法: each...