运行命令 原因：提交任务指定的核数和命令里指定的核数不一致。
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Linux服务器安装fastp，Hisat2, samtools和Htseq
cd /work/home/acwnw4bl7y/HT22/HT22export PATH=/work/home/acwnw4bl7y/sratoolkit.3.1.1-ce...
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Linux服务器安装sratoolkit
查看服务器版本 注：RPM为Centos系统下载并解压安装包 加入环境变量或每次运行前运行命令 测试 参考资料： Windows安装Aspera和sratoolkit - 简...
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新格元Celescope（二）：celescope rna mkref构建单细胞比对的基因组索引文件
使用方法 1 下载基因组序列和基因组注释文件 大鼠基因组和注释文件：Rattus_norvegicus - Ensembl genome browser 105[http:/...
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新格元CeleScope（一）：软件安装
测试 显示报错： 提示找不到 libcrypto.so.3，重新安装openssl 提示不兼容 主要是和htslib不兼容，安装指定版本的htslib 再次测试 安装成功！！...
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Cell Ranger(二)：cellranger mkref构建单细胞比对的基因组索引文件参考资料： Build a Custom Reference for Cell Ranger (mkref) - Official 10x Genomics Support[...
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Cell Ranger(三)：cellranger count生成单细胞基因表达矩阵Cell Ranger需要在高配置的集群上才可以运行。将以下三个文件（解压后的Cell Ranger软件，测序数据，参考基因组）上传到服务器端。 核心命令 以下是提交作业的界...
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R package：masstools画一个阿魏酸的二级质谱图安装 参考资料： Introduction of masstools • masstools (tidymass.org)[https://masstools.tidymas...
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R package（二）：xcms代谢组学初探检出peak官方推荐参数 查看检出的features 上图中一条线（实际为矩形）代表一个离子，线的长度代表峰宽，宽度代表质荷比m/z的范围。图形不够美观，也不能带标记labe...
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Hisat2报错：(ERR): hisat2-align exited with value 137
之前遇到过hisat2-align exited with value 134，这次遇到了137。屏幕显示报错： hisat2 log显示： 百度AI给出的解释是 hisat...
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@1_2a9d ，这种的我还没试过，方便发一个测试一下吗？2018060369@nwafu.edu.cn
R package：xcms(一)：导入数据
导入所需要的包 1.单个样本 导入 提取基峰色谱图 2.多组数据 导入 提取基峰色谱图 参考资料： LCMS data preprocessing and analysis ...
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R package：xcms(三)：原始数据的检查定义分组颜色 tic这个函数用于计算每个样本所有保留时间内的总的离子强度（包括二级质谱），split用于将计算得到的总离子强度根据样本拆分为列表。 计算样品之间的相关性 bp...
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山河已秋，人间已晚
