欢迎关注"生信修炼手册"！ GATK4 对于体细胞突变和生殖细胞突变的检测分别给出了对应的pipeline: Germline SNPs+Indels Somatic SNV...
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GATK4 最佳实践-生殖细胞突变的检测与识别
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annovar 注释
重新用annovar注释：先转换适合的文件格式： 再下载适合的数据库文件：下载指令如下： 下载的数据库： 数据库文件来源 https://annovar.openbioinf...
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【转录组学】featureCounts软件中的length是怎样计算的？
分析过程 以rela基因为例，featureCounts结果文件“all.id.txt”中提供的信息为： 接下来用R语言进行分析:1. 提取featureCounts结果中的...
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讨厌又迷人的reads去重复在NGS分析入门阶段，我们不需要考虑太多的细节，只用知道一个分析的大致流程并完整跑下来即可。太多的细节，只会让我们对于分析产生莫须有的恐惧，因此一些“无关紧要“细节就被我们刻...
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转录组分析——STAR+RSEM+Deseq2STAR+RSEM+Deseq2视频课程链接已经公开, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
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高通量测序数据处理学习记录（零）：NGS分析如何选择合适的参考基因组和注释文件前言 现有比对工具在做mapping之前，都需要下载对应物种的参考基因组做index，而如何选择合适的参考基因组是一件非常重要的事情。 现有的参考基因组存储网站三个：ENSE...
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高通量测序数据处理学习记录（二）：Read Counts的提取
high-throughput seq analysis急先锋——HTSeq的使用介绍 在所有物是人非的景色里，我最中意你。 正体 HTSeq作为一款可以处理高通量数据的py...
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RNA-seq数据分析---方法学文章的实战练习
前言 这次给大家带来的是16年发表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇处理RNA-seq数据的文章：Transcript-level expression analy...
