欢迎关注"生信修炼手册"！ GATK4 对于体细胞突变和生殖细胞突变的检测分别给出了对应的pipeline: Germline SNPs+Indels Somatic SNV...
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GATK4 最佳实践-生殖细胞突变的检测与识别
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annovar 注释
重新用annovar注释：先转换适合的文件格式： 再下载适合的数据库文件：下载指令如下： 下载的数据库： 数据库文件来源 https://annovar.openbioinf...
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【转录组学】featureCounts软件中的length是怎样计算的？
分析过程 以rela基因为例，featureCounts结果文件“all.id.txt”中提供的信息为： 接下来用R语言进行分析:1. 提取featureCounts结果中的...
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讨厌又迷人的reads去重复在NGS分析入门阶段，我们不需要考虑太多的细节，只用知道一个分析的大致流程并完整跑下来即可。太多的细节，只会让我们对于分析产生莫须有的恐惧，因此一些“无关紧要“细节就被我们刻...
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转录组分析——STAR+RSEM+Deseq2STAR+RSEM+Deseq2视频课程链接已经公开, https://www.bilibili.com/video/BV1KJ411p7WN?p=8[https://www...
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高通量测序数据处理学习记录（零）：NGS分析如何选择合适的参考基因组和注释文件前言 现有比对工具在做mapping之前，都需要下载对应物种的参考基因组做index，而如何选择合适的参考基因组是一件非常重要的事情。 现有的参考基因组存储网站三个：ENSE...
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高通量测序数据处理学习记录（二）：Read Counts的提取
high-throughput seq analysis急先锋——HTSeq的使用介绍 在所有物是人非的景色里，我最中意你。 正体 HTSeq作为一款可以处理高通量数据的py...
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RNA-seq数据分析---方法学文章的实战练习
前言 这次给大家带来的是16年发表在NATURE PROTOCOLS上面的一篇处理RNA-seq数据的文章：Transcript-level expression analy...
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R: biomaRt获取Ensembl基因组信息导读 用biomaRt获取ensembl数据库各物种基因染色体位置信息。 R包地址 biomaRt：https://m.ensembl.org/info/data/bioma...
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Fastp：过滤二代测序数据导读 Fastp能检测和去除adapter，PE序列overlap区碱基矫正，slide window修剪头尾，polyG/X尾修剪，UMI预处理。多功能合一，速度快，结果好...
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使用fastp进行数据质控
fastp是一款较新的数据质控软件，接触这个软件也是由于目前市场的软件各有功能但是功能都不是很全，譬如最近接触到一个RNAseq数据，质量较差，需要去除接头而且含N较多，序列...
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【点】count、RPM、RPKM、FPKM、TPM
为什么需要标准化 标准化的主要目的是去除测序数据的技术偏差：测序深度和基因长度。 #测序深度：一个片段测了几遍 #测序覆盖度：测序片段匹配到目标区域的百分比 测序深度：测序深...
