写在前面 进行这部分重复序列提取和注释，主要是为了屏蔽基因组的重复序列，以保证后面基因结构注释的准确性。大致的流程如下：1.首先使用RepeatModler对组装好的基因组进...
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基因组注释01# | 重复序列注释（RepeatModler+RepeatMasker） -
基于参考基因组的基因组组装和注释
将基因组组装到染色体水平无非就是两种方式： 独立组装（de novo）； 基于参考基因组的组装（reference-guided），即基于近缘或同一物种的基因组染色体同源性进...
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三代pacbio hifi序列基因组组装与去冗余
1. bam2fasta -o xx.ccs.bam 2.hifiasm -o xjg04 -t 50 --hg-size 1.5g xjg.hifi.original.fa...
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单细胞差异基因炫酷展示：南丁格尔玫瑰图（鸡冠花图）这个图分别选取了两组差异基因相比上调与下调的基因来进行绘图。简言之，展示了每一个出现在差异基因表中的差异基因在不同celltype中共表达的情况，每一格代表一个celltyp...
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堆积柱状图及3D饼状图绘制2023-07-30library(xlsx) data<- read.xlsx('G:/.xlsx',1) #宽数据变长数据 library(tidyverse) dflong<-pivot_...
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Seurat单细胞转录组整合流程（SCTransform标准化）转自西湖小明的帖子可直接用的Seurat单细胞转录组整合（去批次）流程，最新版整理 [https://www.jianshu.com/p/ed2eb7b5724e] 整理了一...
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R-Seurat单细胞数据分析流程Seurat standard pipeline[#seurat-standard-pipeline]创建Seurat对象[#%E5%88%9B%E5%BB%BAseurat...
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conda的安装与使用 2.0版（2022-08-12更新）有很多的生信软件都可以通过conda安装，省去了很多的安装、修bug的烦恼。经常是安装到崩溃的软件，conda一行命令就搞定了。前两天有个胖友问我gatk 3.8的版本在哪里...
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linux服务器安装R语言及Rstudio server
在linux服务器上使用R语言及Rstudio servercat /etc/redhat-release: 查看服务器系统版本 R 程序包获取查看最新版本的下载链接，使用w...
