软件说明书：https://github.com/TransDecoder/TransDecoder/wiki[https://github.com/TransDecoder...
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TransDecoder软件预测转录本ORF阅读框和编码区
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2021-4-6【文献阅读】TransBorrow: genome-guided transcriptome assembly by borrowing assemblies from diff...第一块 题目 TransBorrow: genome-guided transcriptome assembly by borrowing assemblies from d...
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TransDecoder、blast+、hmmer安装 & Pfam 数据库下载：transcript.fasta 预测CDS区（一）
安装TransDecoder，blast+，hmmer 在conda的python3环境下，下载transdecoder perl模块安装完成之后，再次输入TransDeco...
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无参转录组的组装注释部分（1）大致的流程如下：BBtools --》 Trinity(v2.8.5) --》 Transdecoder --》Trinotate (3.2.1) 1. 合并左右read...
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基因组注释01# | 重复序列注释（RepeatModler+RepeatMasker）写在前面 进行这部分重复序列提取和注释，主要是为了屏蔽基因组的重复序列，以保证后面基因结构注释的准确性。大致的流程如下：1.首先使用RepeatModler对组装好的基因组进...
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基于参考基因组的基因组组装和注释
将基因组组装到染色体水平无非就是两种方式： 独立组装（de novo）； 基于参考基因组的组装（reference-guided），即基于近缘或同一物种的基因组染色体同源性进...
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三代pacbio hifi序列基因组组装与去冗余
1. bam2fasta -o xx.ccs.bam 2.hifiasm -o xjg04 -t 50 --hg-size 1.5g xjg.hifi.original.fa...
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单细胞差异基因炫酷展示：南丁格尔玫瑰图（鸡冠花图）这个图分别选取了两组差异基因相比上调与下调的基因来进行绘图。简言之，展示了每一个出现在差异基因表中的差异基因在不同celltype中共表达的情况，每一格代表一个celltyp...
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堆积柱状图及3D饼状图绘制2023-07-30library(xlsx) data<- read.xlsx('G:/.xlsx',1) #宽数据变长数据 library(tidyverse) dflong<-pivot_...
