适用背景 之前写了一篇文章介绍四步完成单细胞数据调控网络流程分析[https://www.jianshu.com/p/71ed43163ce1]，但生成的结果没有进行可视化，...
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SCENIC/pySCENIC结果可视化 2022-11-08 -
scRNA-Seq | SCENIC 推断基因调控网络和细胞类型转录因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因组，与特定DNA序列结合 (TFBS/motif) ，调控DNA转录过程的一类蛋白质。转录...
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手把手教你做单细胞测序数据分析（六）——组间差异分析及可视化往期回顾： 在前面的课程中我们已经进行过“单样本数据分析[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s...
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单/多个基因在组间同时展示的多种选择：分组小提琴图、分组/分面柱状图、单基因蜂群点图拼图绘制这是ggplot2可视化专题的第二个实例操作 【ggplot2的基本思路见前文总论】：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录 【ggplot2绘图具体...
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寻找差异基因到底使用哪个？FindMarkers、FindallMarkers 、 findconservedmarkers 、还是 PrepSCTFindMarkers
Q： 得到的差异基因和保守基因，用哪个作为 marker 基因好？ / FindallMarkers 和findconservedmarkers 结果上有什么区别吗？ A： ...
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Seurat之整合分析（1）前面也说过用CCA，SCTransform和Harmony等可以消除多个数据的批次效应，来实现多组数据的整合。但有时候我们会遇到两个datasets只有部分重叠，这和之前介绍...
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如何使用 Seurat 分析单细胞测序数据（ Q&A
1. 关于 QC Q：过滤线粒体基因是去除低质量 cell，核糖体基因用过滤吗？ A： Seurat 教程中没有提到用核糖体基因的 UMI 含量来过滤细胞，我看到的文献中基本...
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单细胞分析踩坑实录：DotPlot()之'RNA' assay还是 'integrated' assay?前段时间在生信技能树单细胞学习小分队分享单细胞文章复现，一不小心就踩了一个坑……记录在这儿和大家一起分享。 背景 主要是想复现2020年发表在 PNAS 上的一篇题为 Sin...
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