适用背景 之前写了一篇文章介绍四步完成单细胞数据调控网络流程分析[https://www.jianshu.com/p/71ed43163ce1]，但生成的结果没有进行可视化，...
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SCENIC/pySCENIC结果可视化 2022-11-08 -
scRNA-Seq | SCENIC 推断基因调控网络和细胞类型转录因子 (transcription factors, TFs) 是直接作用于基因组，与特定DNA序列结合 (TFBS/motif) ，调控DNA转录过程的一类蛋白质。转录...
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手把手教你做单细胞测序数据分析（六）——组间差异分析及可视化往期回顾： 在前面的课程中我们已经进行过“单样本数据分析[https://link.zhihu.com/?target=http%3A//mp.weixin.qq.com/s...
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单/多个基因在组间同时展示的多种选择：分组小提琴图、分组/分面柱状图、单基因蜂群点图拼图绘制这是ggplot2可视化专题的第二个实例操作 【ggplot2的基本思路见前文总论】：基于ggplot2的RNA-seq转录组可视化：总述和分文目录 【ggplot2绘图具体...
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寻找差异基因到底使用哪个？FindMarkers、FindallMarkers 、 findconservedmarkers 、还是 PrepSCTFindMarkers
Q： 得到的差异基因和保守基因，用哪个作为 marker 基因好？ / FindallMarkers 和findconservedmarkers 结果上有什么区别吗？ A： ...
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Seurat之整合分析（1）前面也说过用CCA，SCTransform和Harmony等可以消除多个数据的批次效应，来实现多组数据的整合。但有时候我们会遇到两个datasets只有部分重叠，这和之前介绍...
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如何使用 Seurat 分析单细胞测序数据（ Q&A
1. 关于 QC Q：过滤线粒体基因是去除低质量 cell，核糖体基因用过滤吗？ A： Seurat 教程中没有提到用核糖体基因的 UMI 含量来过滤细胞，我看到的文献中基本...
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单细胞分析踩坑实录：DotPlot()之'RNA' assay还是 'integrated' assay?前段时间在生信技能树单细胞学习小分队分享单细胞文章复现，一不小心就踩了一个坑……记录在这儿和大家一起分享。 背景 主要是想复现2020年发表在 PNAS 上的一篇题为 Sin...
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单细胞细胞比例分析方法列举1.利用箱线图比较两类样本的某个细胞比例差异 比较直观，但是缺点在于如果单细胞样本个数过少且异质性大，导致很难有统计学显著意义 2.R o/e 比值 好多文章都有用这个，我的...
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【单细胞测序数据分析-1】认识Seurat对象数据结构/数据格式及操作一文了解单细胞对象数据结构/数据格式，单细胞数据操作不迷茫。本文内容包括 单细胞seurat对象数据结构， 内容构成，对象的调用、操作，常见函数的应用等。 1. 单细胞seu...
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我眼中的barcodes.tsv.gz/features.tsv.gz/matrix.mtx.gz前段时间一直在用cellranger count进行单细胞测序数据的处理，不得不说Cell Ranger作为10X Genomics官方的单细胞数据处理工具，功能还是很强大的...
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seurat-ScaleData()源码解析一、ScaleData()简介 单细胞基因表达counts矩阵数据经过NormalizeData()归一化处理后，还需要进行scale标准化。ScaleData()[http...
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Cell Type annotation---SCSA篇和前面的scCATCH一样，SCSA（https://github.com/bioinfo-ibms-pumc/SCSA）也是基于已知marker gene进行打分的注释方法...
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Seurat使用（第一坑）续集
昨天头疼了大半天的报错问题报错如下： 查遍了资料，无果。 结果发现我的路径里面含有中文，数据就无法载入！可是我下载的网上的GSE数据，路径无论是中文还是英文都没问题呀！而且R...
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cellranger count使用1、如果你是直接拿到的R1/R2的fastq文件，那么就直接上cellranger count。氮素，如果你是I1/R1/R2的数据，那就麻烦还要跑个cellranger m...
