基因流（也称基因迁移）是指从一个物种的一个种群向另一个种群引入新的遗传物质，从而改变群体“基因库”的组成。通过基因交流向群体中引入新的等位基因，是遗传变异一个非常重要的来源，...
IP属地：重庆
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群体进化分析--基因流及群体历史分析——我愿称之为史上最全 -
任意分子标记的组装缘起：课题组需要组装一批物种的matK、rbcL与ITS分子标记，用于后续的生态学研究。 对于matK、rbcL与ITS这类常用分子标记，根据课题组的经验，都是使用G...
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老师，可以分享一些nutong的教程嘛❤❤❤，付费也行
2024-11-07 Notung踩坑记录
2.9.1.5版本 貌似不需要修改基因树名字为gene_species格式了 也不需要修改物种名A_b为A-b，直接运行就可以？？？for i in ../Gene_Tree...
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2024-11-07 Notung踩坑记录
2.9.1.5版本 貌似不需要修改基因树名字为gene_species格式了 也不需要修改物种名A_b为A-b，直接运行就可以？？？for i in ../Gene_Tree...
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ggplot2优雅的在地图上添加采样点信息最近有朋友问怎么给地图上用饼图添加采样信息，本节就来介绍一下，满满的都是细节 下载并加载R包 获取地图信息 构建需要展示的国家数据 结合采样信息和地图信息 绘制地图 geom...
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gggenomes优雅的绘制基因组图本节来介绍一个ggplot2的扩展包gggenomes使用它可以轻松地对不同来源的基因数据组合成一个全面而优雅的图，下面让我们来看一个小例子 安装R包 目前gggenomes...
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SnpEff：vcf注释软件安装及应用需要准备的内容: 环境：Linux 或 Ubuntu，已经安装openjdk 文件：通过 GATK 流程得到的变异或者 VCF 格式的文件 参考文件：对应基因组版本的 gff...
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机器学习/深度学习与基因组学资源搜罗
作为一个genomics方向的研究者，在AI的浪潮中总是避免不了焦虑。担心被时代抛弃。 在以前，不识字的我们称之为文盲；再后来，英语不好是地球村的文盲；接着到了信息时代，不会...
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提取收缩扩张基因家族的基因
需要在linux系统中,要装了seqkit软件 使用例子 提取指定物种MLA的全部收缩扩张基因和显著收缩扩张基因,分别在两个子文件夹中,--column要输入该物种在Orth...
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康奈尔大学博后
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De novo组装#07 | 染色体挂载 （allhic，3d-dna）写在前面 初始组装经过基因组纠错（polish）以及去冗余（purge）之后，就可以将其挂载到染色体上，使其由contig/scaffold级别的基因组提升到chromoso...
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深度学习的过拟合与欠拟合的判别从上图中可以看到大概是30 epoch时，相关系数到达了最大值，之后测试集的损失函数突然上升，但是训练集的损失函数之后一直在震荡下降。此处即出现了过拟合，特别是50之后，测试...
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