1.概览 2.PE reads拼接（fastq_mergepairs） 3.质量控制（fastx_filter） 去冗余与聚类生成OTUs或降噪生成ASVs（derep_fu...
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16S扩增子之Vsearch使用
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使用vsearch,usearch和R语言进行16s扩增子分析以下教程中vsearch和usearch部分的操作在虚拟机中的ubuntu18系统下进行。 1. 示例数据的下载 2. 双端reads的合并 3. 引物剔除和数据质控 4. ...
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第2篇：原始数据的质控、比对和过滤这部分内容包括对原始测序数据质控，然后比对过滤，这是所有NGS数据处理的上游分析。 ATAC-Seq与其他方法不同的一点是需要过滤去除线粒体（如果是植物，还需要过滤叶绿体），...
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16S从实验到数据分析最全流程文中会对遇到的问题进行解答，图表部分也做了比较详细的说明，对初学者比较友好，当然知道实验部分会让你对数据如何得来的有一个整体的把握，知其然而知其所以然，分析和解释数据起来会更...
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根据经纬度获取气候因子 | Worldclim + ArcMap工具准备 ArcGIS Desktop下载安装 软件的下载和安装自行解决，可参考文末提供的参考资料。 Worldclim数据下载 可以从Worldclim官方网站上查找到历史...
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13-【prokka】的安装和使用
安装时间：2021.2.19 1. 简介 目前常用对基因进行注释的工具有两款：Prokka和RAST。在web of science上RAST引用次数6280次，prokka...
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HMMER3.1使用最近在探索全基因组基因家族的分析方法，而找到某一家族需要通过保守结构域来预测，从而找到物种的某一基因家族，从而进行之后的分析。这里就需要用到HMMER3.1软件，鉴定物种某一...
