R语言随机森林全流程分析 引言 再2023年6月，如果你以Random Forest为关键词在Google Scholar检索，时间降序。 你会发现这些方法用于各个领域的研究...
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R语言随机森林分析全流程
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smart-seq2 实践单细胞转录组：smart-seq2 参考资料： Smart-seq2 scRNA小鼠发育学习笔记: https://www.jianshu.com/p/23a8fcb1292...
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转录组测序分析-上游分析一、认识转录组 RNA作为基因组和蛋白质组之间的链接部分，是分子生物学中独特的核心活动。转录组测序是分析某一组织中的全部RNA的表达量，包括mRNA,rRNA,tRNA,ln...
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irGSEA：基于秩次的单细胞基因集富集分析整合框架（中文教程）一、背景 在单细胞转录组测序中，整合多样本数据进行分析逐渐成为一种趋势。越来越多的研究者趋于使用未校正批次效应后的数据进行差异基因分析。他们认为，校正批次效应后的数据，会掩盖...
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通过GSVA与相关性分析寻找目的基因的相关通路
最近帮师弟做一个GSVA分析，发现已经忘的差不多了，顺便整理一下吧。 基因集变异分析（Gene Set Variation Analysis, GSVA）可以将一个基因表达矩...
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听说你的单细胞对象需要一个思维导图？在我们分析单细胞数据的时候，需要想象力的一点就是要理解数据结构，基于此有位老几还写了一篇为什么要以数据库的思维来理解单细胞数据。里面列出了常见的单细胞数据对象的结构。 平时我...
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单细胞转录组之使用CellChat对单个数据集进行细胞间通讯分析1.CellChat对象的创建、处理及初始化[#1cellchat%E5%AF%B9%E8%B1%A1%E7%9A%84%E5%88%9B%E5%BB%BA%E5%A4%84...
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scRNAseq双细胞去除-1: DoubletFinder10x平台的双细胞率（符合泊松分布1）： 根据Poisson分布，单个液滴包含超过一个细胞（doublets或multiplets）的频率随着上机细胞的浓度而改变。通常如果上...
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细胞类型鉴定--单细胞marker基因（持续修正）细胞类型marker基因T CellsCD3D, CD3EThCD3D, CD3E, CD40LGTcCD3D, CD3E, CD8A, CD8BgdTTRDV2, TRGV...
