针对某个基因敲除的斑马鱼，在12-25天会逐渐死亡，因此我们选择了8dpf 和16dpf 的由于进行转录组测序，根据差异基因我们绘制了如下的韦恩图，然后我们需要重点关注灰色区...
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2022-03-13 GO和KEGG分析（一）---根据韦恩图交集的基因进行分析 -
RNA-seq(7): DEseq2筛选差异表达基因并注释(bioMart)============================================写在前面：可以参考另外一篇《得到差异基因后怎么做？[https://www.jians...
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TCGA转录组差异分析后多种基因功能富集分析：从GO/KEGG到GSEA和GSVA/ssGSEA（含基因ID转换）测序上游分析系列： mRNA-seq转录组二代测序从raw reads到表达矩阵：上中游分析pipelinemiRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw r...
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Cytoscape基础教程笔记
转自：https://www.plob.org/article/6289.html 昨天开始学用Cytoscape，其tutorial分为两个部分，基础的和高级 的。基础教程...
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WGCNA：选择某个模块绘制共表达网络前面的教程已经进行了WGCNA分析并将各个模块的网络图绘制文件导出，接下来将进行共表达网络的绘制，本次教程依旧根据PlantTech的Cytoscape课程[https://...
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networkx + Cytoscape 构建及可视化网络图本次笔记内容：网络图的简要结构以相关系数表为例：networkx构建网络结构Cytoscape可视化网络图co-XXX network 网络图的简要结构 网络结构由点及连接点...
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Cytoscape可视化相关性结果两个指标的相关性表示方法很多，此处介绍Cytoscape软件可视化相关性结果的步骤。这里展示基因与转录因子的相关性结果。 先看成图 步骤1.计算两者相关性，整理成如下表格： ...
