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@姚良飞 一般Fst的负值意义不大
遗传分化指数(Fst)的计算
在群体遗传学中衡量群体间的遗传分化的程度的指标有许多种，较为常见的就是遗传分化指数（Fst），fst是由F统计量演变而来，F统计量主要有三种（FIS，FIF，FST）。Fst...
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@小灰灰不会飞那又怎样 谢谢你，请问这个bed文件又是什么呢，我现在只有bam文件
基因融合 — step2 Delly 软件
一、概述 Delly is an integrated structural variant (SV) prediction method that can discover...
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@fatlady 我看到里面只有一些模式动物的，比如人的，小鼠的，果蝇等等，但是如果我想做其他物种的，这个文件应该去那里找呢？
CNV calling | DELLY
基于paired-end mapping methods 和 split-read analysis，检测结构变异。 写在前面 Delly is an integrated ...
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笔者你好，我想了解一下这个-x参数后面的.excl文件，我看delly里面给的只有人，果蝇，小鼠，和酵母的文件，如果我想做其他物种的比如牛的或者狗的SV检测，那这个文件我应该去哪里找呢？谢谢
CNV calling | DELLY
基于paired-end mapping methods 和 split-read analysis，检测结构变异。 写在前面 Delly is an integrated ...
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笔者你好，我想了解一下这个-x参数后面的.excl.tsv文件，我看delly里面给的只有人，果蝇，小鼠，和酵母的文件，如果我想做其他物种的比如牛的或者狗的SV检测，那这个文件我应该去哪里找呢？谢谢
基因融合 — step2 Delly 软件
一、概述 Delly is an integrated structural variant (SV) prediction method that can discover...
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@牛顿大尉 教程都写在帖子里面了
基于R语言使用xp-ehh做选择信号分析的个人笔记
自从第一次了解选择信号之后就对其产生了浓厚的兴趣，通过读文章知道有许多的方法来对基因组上的选择信号进行检测，比如Fst，EHH，IHS，LD等等方法都可以检测选择信号，但是我...
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楼主你好，因为我们计算的TOM矩阵中的两个基因之间的值就是后面输出到cytoscape软件中的weight值，但是每两个基因之间都会有有一个权重值，就导致了每两个基因之间都会有一条边，所应该设定一个阈值，把一些weight值较小卡掉，但是这个阈值怎么设置，设置为多少才能认为两个基因之间存在关系。
WGCNA实例分析及解读（附代码）
WGCNA分析基于两个假设：1.相似表达模式的基因可能存在共调控、功能相关或处于同一通路，2.基因网络符合无尺度分布。基于这两点，可以将基因网络根据表达相似性划分为不同的模块...
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笔者你好，我也遇到了问题，就是如何确定这个聚类c的个数，c的最佳值应该怎么确定呢？有没有一个标准呢？
Mfuzz的使用
最近在进行ATAC和RNA-Seq的联合分析，由于处理的材料是时间相关的，所以time-course也是一个可以分析的点。在一位刘潜老哥的帮助下，我找到了一篇靠谱熊 转录组时...
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笔者你好，我在用biomart这个R包取基因的3utr的时候发现有些基因的结果是“Sequence unavailable”，是怎么回事。这个基因没有3utr吗？
biomaRt: 用R愉快检索BioMart数据库
网速慢的原因找到了 R 与 BioMart 数据库的语言接口 (interface) Durinck S, Spellman P, Birney E, Huber W (20...
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这个数据库可以预测猪的转录因子和miRNA 的调控关系吗？
TransmiR:转录因子和miRNA调控关系数据库
欢迎关注”生信修炼手册”! mRNA可以翻译成各种功能的蛋白，其中有一类研究调控蛋白研究的非常火热，即转录因子transcription factor, 简称TF,TF参与调...
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@六六_ryx 请问这个cytoscape的阈值设置与前面的软阈值有关系吗这两个？？就是输出到cytoscape中的weight值的阈值与确定软阈值的R2值要一致吗？？
STEP6:WGCNA相关性分析
因为样本数量比较可观，所以可以进行WGCNA分析。这里是并不需要选取所有的基因来做WGCNA分析，挑选的标准可以是top变异程度大的基因集合，或者显著差异表达的基因集合等等。...
