做完比对后，最直接的一个问题就是想知道：你的reads比对上了哪些区域没比对上哪些区域，有多少reads比对上特定的区域(该区域比对深度)。传统手艺一般可以使用bedtool...
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比对文件BAM/CAM深度检测好用工具：Mosdepth
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「GATK 4」如何提高HaplotyperCaller的效率GATK的HaplotypeCaller 应该是目前最常用的变异检测软件，尤其是在人类基因组上。不过HaplotypeCaller的速度相对于其他软件，例如bcftools,...
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FastQC的基本介绍FastQC的基本介绍: FastQC是一款基于Java的软件，它可以快速地对测序数据进行质量评估，其官网为：http://www.bioinformatics.babrah...
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从GEO数据下载到limma差异分析，再到topGO富集分析一个失败案例，不要点进来 GSE2034 topGO 1. DEG 1.1 下载GEO数据 1.2 表达矩阵 before: after: 1.3 设计矩阵和对比矩阵 1.4...
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群体遗传学基础知识
转载自：https://www.jianshu.com/p/7d4e4948b623 群体遗传学基础知识 群体（Polulation）：是指生活在一定空间范围内，能够相互交配...
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使用GEMMA进行复杂性状全基因组关联分析(GWAS)GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association algorithm）是一款基于混合线性模型的GWAS分析软件（文献信息...
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从fastq数据到SNV | GATK
00 写在前面 仅针对人类WGS或WES数据，供参考。时间管理某一点：能自动化的工作尽量自动化，不要时间用在毫无意义的重复上。脑袋好比肌肉，需要不断提高负重的锻炼才能达到“有...
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GATK4 最佳实践-生殖细胞突变的检测与识别
欢迎关注"生信修炼手册"！ GATK4 对于体细胞突变和生殖细胞突变的检测分别给出了对应的pipeline: Germline SNPs+Indels Somatic SNV...
