@Vanvan没想到 对的，还没有毕业～最后一年啦
我想做个理想主义者昨天（6.17）是一年一度的生日。一如既往，要进行一番自我思考、自我剖析。 缘分妙不可言 本科毕业4年，硕士毕业1年，9月即将正式入学读生物博士。8年前，高考结束的那一刻，我...
发简信
IP属地：上海
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@sunny_ab1b 可以搜一下网上的资料，有很多关于DEseq2的教程～
RNA-seq:Kallisto+Sleuth (2)
Kallisto下游推荐的分析软件是Sleuth，所以我们本次介绍如何使用Sleuth进行相关的分析。 RNA-seq在完成转录本的鉴定及定量后，我们经常做的分析之一就是差异...
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@sunny_ab1b 差异基因数量和样本可能也有很大的关系
RNA-seq:Kallisto+Sleuth (2)
Kallisto下游推荐的分析软件是Sleuth，所以我们本次介绍如何使用Sleuth进行相关的分析。 RNA-seq在完成转录本的鉴定及定量后，我们经常做的分析之一就是差异...
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@hjl7513 人生就是反复陷入思考与迷茫
比任何时候都要接近梦想
如果说每个人的人生必然会遇到几个转折点，那我绝对相信2020年会成为我人生的一个转折点，甚至是一个重大转折点。 这么想来，或许2019年所做的大部分事情都是为2020年作铺垫...
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@一条生物狗 过了很多年的回复🤪
Qiime1-1.介绍
倒腾学习了一段时间的qiime1和qiime2，决定苦心整理一下学习成果。虽然不知道啥时候才能更完。主要参考下述网站的分析流程：https://twbattaglia.git...
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六种方法查看R函数源代码，为啥第三种最惹人喜欢？所谓：操千曲而后晓声，观千剑而后识器。 作为一个开源软件，R的一个非常大的优点就是我们可以随意查看所有算法的源代码，在对这些源代码进行分析的过程中不仅可以加深对算法的认识，而...
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@我们一起舔过铁栏杆 感谢帮忙回复。
R数据可视化20:弦图
终于超过1k粉丝啦～之前说要小小庆祝一下，害怕直接放文章里会被封文章，所以福利大家可以见评论。前几周忙着答辩毕业事宜没有时间更新，虽然这几天也挺忙哈哈哈哈，不过还是要定期更新...
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@z_969d 最近看到作者在github上回复了这个问题，说是虽然novoeq 6000前面的模型结果会有点奇怪，但是不影响后续的使用，详见：https://github.com/benjjneb/dada2/issues/1524
ASV和OTU有什么不同？哪个更好？
遇到了一个16S的课题，于是开始认真学习ASV和OTU的差别，顺手整理一下。 扩增子测序和鸟枪法测序已经成为微生物组领域最常见的研究手段。尽管鸟枪法测序可以为我们提供更高分辨...
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@z_969d 因为这款测序仪对测序质量的评分变化了 只有几个等级 因此在建立error模型的时候会出现问题🤨
ASV和OTU有什么不同？哪个更好？
遇到了一个16S的课题，于是开始认真学习ASV和OTU的差别，顺手整理一下。 扩增子测序和鸟枪法测序已经成为微生物组领域最常见的研究手段。尽管鸟枪法测序可以为我们提供更高分辨...
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@cbf7ac7e39f2 那我也没了😨
GenVisR包：突变类型不在waterfall函数指定范围？
GenVisR包是一个用于基因组可视化的包。为我们提供了多种用于展示基因组突变、基因突变等图像，包括我们熟知的基因突变瀑布图等。今天介绍该包中的waterfall函数功能。 ...
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@壹生医路 给的变量不是数值
R数据可视化1: 火山图
拖延症让我一直疲于整理qiime2的分析过程。而且手上暂时也没有相应的16S数据要分析，所以打算整理整理R的画图脚本。而且总是百度一些画图细节让我“厌倦”了，觉得自己急需整理...
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数量生态学笔记||冗余分析（RDA）概述冗余分析（redundancy analysis，RDA）是一种回归分析结合主成分分析的排序方法，也是多响应变量（multiresponse）回归分析的拓展。从概念上讲，RD...
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@花瓣雨落下花开半夏 不好意思，没有做过这两类RNA的注释，不太清楚流程
R实例：limma包分析Agilent 4x44K Arrays
目前网页上常见的是使用Affy的包对Affymetrix的芯片分析教程，而忽略了对其他平台芯片分析。limma包是一个针对芯片数据进行分析的R包，支持不同平台的芯片数据。 数...
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from 和 to是一条连线两头的两个节点，value是线的粗细，可以理解为关联的强度
R数据可视化18:弧形图
每次有正事的时候就想逃避写个简书，假装自己没有干不正经的事。（明明我还有一些数据需要分析呢，但是毫无分析的动力。）好的，今天我们来介绍一个很酷炫的图：弧形图（Arc Diag...
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@Tarim_Med 不是大佬 哈哈哈所以已经很久没有更新了
我想做个理想主义者
昨天（6.17）是一年一度的生日。一如既往，要进行一番自我思考、自我剖析。 缘分妙不可言 本科毕业4年，硕士毕业1年，9月即将正式入学读生物博士。8年前，高考结束的那一刻，我...
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MSKCC Research Associate<br>别赶不上野心，又辜负了努力
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@vv2020 质控后 不过现在二代测序比较成熟 测序质量都比较高 可能质控前后差别也不会太大
RNA-seq: Kallisto+Sleuth(1)
本文我们来简单介绍一下非常快捷好用的一个RNAseq工具——Kallisto。Kallisto被我推荐的原因是其速度非常快，在我的Mac Pro就可以运行使用，而且其结果也比...
