240 发简信
王雪琴_e546
IP属地：湖北
  • 180
    王雪琴_e546

    您好，我的juicer是安装的1.6版本的，但是一直报错，请问一下您之前有遇到过嘛？[main] CMD: bwa mem -SP5M -t 40 /data/xueqin/Project/juicer/references/test_ctg.fa /data/xueqin/Project/juicer/work/splits/test_hic_R1.fastq.gz /data/xueqin/Project/juicer/work/splits/test_hic_R2.fastq.gz
    [main] Real time: 27144.798 sec; CPU: 1074465.751 sec
    (-: Align of /data/xueqin/Project/juicer/work/splits/test_hic.fastq.gz.sam done successfully
    awk: /data/xueqin/Project/juicer/scripts/common/chimeric_blacklist.awk: line 671: function and never defined
    awk: /data/xueqin/Project/juicer/scripts/common/chimeric_blacklist.awk: line 671: function and never defined
    awk: /data/xueqin/Project/juicer/scripts/common/chimeric_blacklist.awk: line 671: function and never defined
    awk: /data/xueqin/Project/juicer/scripts/common/chimeric_blacklist.awk: line 671: function and never defined
    awk: /data/xueqin/Project/juicer/scripts/common/chimeric_blacklist.awk: line 671: function and never defined
    ***! Failure during chimera handling of /data/xueqin/Project/juicer/work/splits/test_hic.fastq.gz

    Juicer: 辅助基因组组装

    Juicer: 辅助基因组组装 导读 本文主要对处理HiC数据的Juicer程序进行一个简短的介绍，并展示如何利用Juicer进行基因组组装中染色体挂载的第一步。 1. 介绍...

    数据科学工厂
    3081 4 8
  • 180
    王雪琴_e546
  • 180
    王雪琴_e546

    您好，我想问一下P01TYD20308306-1_r64030_20201110_065049_1_A02.subreads.fasta是什么文件呀？是怎么获取的呀？感谢感谢

    De novo组装#04 | 基因组去冗余（purge_dups）

    写在前面 冗余序列的产生和多种因素有关，如 CLR 的测序错误，基因组自身的杂合性和重复序列的影响等等，purge_dups软件能根据read深度分析组装中haplotigs...

    WIIT
    5001 4 9
  • 180
    王雪琴_e546

    @Mr_我爱读文献 好的好的，谢谢老师

    系统发育比较分析—R

    系统发育树是研究物种进化历史必不可少的信息，我们可以利用它得到一些重要历史线索，如： 生物多样性（物种形成或灭绝）； 物种性状进化与多样化（Character evoluti...

    Mr_我爱读文献
    36200 32 95 3
  • 180
    王雪琴_e546
  • 180
    王雪琴_e546

    老师，您好，我想咨询一下，如果仅有几个物种出现两种性状还能做系统发育信号检测嘛？是将这种情况视为新的性状还是应该怎么做呀？感谢感谢

    系统发育比较分析—R

    系统发育树是研究物种进化历史必不可少的信息，我们可以利用它得到一些重要历史线索，如： 生物多样性（物种形成或灭绝）； 物种性状进化与多样化（Character evoluti...

    Mr_我爱读文献
    36200 32 95 3
  • 180
    王雪琴_e546

    您好，请问一下smudge_pairs是怎么安装上的呀，我一直没安装上这个,kmc里面也没有找到，麻烦您啦

    用k-mer分析进行基因组调查：（四）用GenomeScope评估基因组特征+用Smudgeplot估计倍性

    （全文约3500字） 【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+Genome...

    生信技工
    4631 3 12
  • 180
    王雪琴_e546

    您好，我想请问一下，您在安装KmerGenie这个软件的时候，是否遇到这个问题/home/xueqin/miniconda3/envs/r423/x86_64-conda-linux-gnu/include/c++/11.2.0/ctime:80:11: error: 'timespec_get' has not been declared in '::'
    80 | using ::timespec_get;
    | ^~~~~~~~~~~~
    make[1]: *** [Makefile:519: Common/ntcard-Uncompress.o] Error 1
    make[1]: Leaving directory '/data/xueqin/software/kmergenie-1.7051/ntCard'
    make: *** [Makefile:365: all] Error 2

    kmergenie 安装及使用

    由于需要做微生物的De novo无参组装，查了一些资料发现大多软件需要先确定K值，而kmergenie能够根据数据的得到最佳的K值，下边记录一下安装过程 依赖： python...

    小陈123123
    1559 2 2
  • 180
    王雪琴_e546

    您好，您在安装kmergenie时，是否遇到这种情况呀？麻烦您啦/home/xueqin/miniconda3/envs/r423/x86_64-conda-linux-gnu/include/c++/11.2.0/ctime:80:11: error: 'timespec_get' has not been declared in '::'
    80 | using ::timespec_get;
    | ^~~~~~~~~~~~
    make[1]: *** [Makefile:519: Common/ntcard-Uncompress.o] Error 1
    make[1]: Leaving directory '/data/xueqin/software/kmergenie-1.7051/ntCard'
    make: *** [Makefile:365: all] Error 2

    基因组组装----SOAPdenovo2

    1.基因组组装的流程 基因组组装的大概流程如下： (1) 测序得到raw reads序列。 (2) Reads质量评估。 (3) 原始reads质控。 (4) 选择合适的参数...

    bcl_hx
    19251 2 37
  • 180
    王雪琴_e546

    您好，请问一下modeltest-ng最终输出的Commands:中是没有MrBayes的命令嘛？还是可以设置的嘛？谢谢您

    使用modeltest-ng和raxml-ng构建ML系统发育树

    虽然简单，但绝对首发……该给自己的系统发育构建流程升级了，新版本软件不仅速度快，而且对用户友好！ modeltest-ng 的速度是真的飞快！modeltest-ng 和 r...

    wangsb_2020
    9365 14 21
  • 180
    王雪琴_e546

    您好，我想问一下，您这个/usr/local/bin/ParaAT2.0是您软件安装的绝对路径嘛？因为我设置了绝对路径还是不能直接运行ParaAT.pl，谢谢您

    2021-09-16

    ParaAT2.0 下载和安装 接触Linux第一天，短期目标是Ka/Ks计算 参考好几位网友大神的帖子开始linux系统中Ka/Ks的计算 首先用wget 下载 Para2...

    瓦利的瓦力
    649 1 2
  • 180
    王雪琴_e546

    你好，我想请问一下orthofinder筛选得到的直系同源基因会包括叶绿体基因嘛？谢谢您

    OrthoFinder寻找同源基因并建树

    提到寻找物种之间的同源基因，大家一般想到的是OrthoMCL (http://orthomcl.org/orthomcl/） ，OrthoMCL是现在用的最多的一款来找直系同...

    byemax
    21463 9 54
  • 180
    王雪琴_e546

    你好，这个ndata = 1是表示什么值呀？谢谢啦

    看完这篇推送的，据说都学会了分化时间计算？！

    分子钟假说 基因序列中密码子随着时间的推移以几乎恒定的比例相互替换，即具有恒定的演化速率，两个物种之间的遗传距离将与物种的分化时间成正比。我们通常采用单拷贝基因家族中的四重简...

    Bioinfor生信云
    1792 1 6
  • 180
    王雪琴_e546

    您好，我用conda 安装完GetOrganelle后，运行示例文件时，出现get_organelle_from_reads.py脚本报错的问题，麻烦您帮我看看有没有解决方法呀？谢谢呀，以下是出现的报错情况：
    Traceback (most recent call last):
    File "/home/xueqin/miniconda3/envs/r423/bin/get_organelle_from_reads.py", line 4109, in main
    slim_stat_list, ignore_k = slim_spades_result(
    File "/home/xueqin/miniconda3/envs/r423/bin/get_organelle_from_reads.py", line 3263, in slim_spades_result
    if max(kmer_values) <= ignore_kmer_res:
    ValueError: max() arg is an empty sequence

    细胞器基因组（叶绿体、线粒体）组装神器GetOrganelle介绍

    GetOrganelle是中国科学院昆明植物研究所金建军和郁文彬两位老师共同开发的质体组装软件，论文发表在Genome Biology[https://genomebiolo...

    惊鸿影
    5618 2 6
  • 180
    王雪琴_e546
  • 180
    王雪琴_e546
  • 180
    王雪琴_e546
  • 180
    王雪琴_e546
  • 180
    王雪琴_e546
  • 180
    王雪琴_e546
暂无个人介绍