想验证miRNA与靶基因的作用? ——双萤光素酶报告基因检测 想了解miRNA和lncRNA/circRNA的靶向互作?——双萤光素酶报告基因检测 想知道转录因子对下游基因的...
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一文总结：双荧光素酶实验的原理、应用及详细步骤 -
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TBtools：在染色体上定位指定的基因（一整套流程）位置1.首先在Ensemblefungi获取该物种整个基因组的gff注释文件（或gtf注释文件，有谁就下载谁） 2.指定基因id的获取 可以用表格形式打开gff文件，一般指定基因...
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「生信」共线性分析——MCScanX目录MCScanX下载及安装数据准备MCScanX运行及结果Ka & Ks 计算下游画图脚本最后 MCScanX有两个主要的功能, 一是, 方便使用者发现共线性(collin...
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「GATK 3.8」BaseRecalibrator 介绍
BaseRecalibrator 简介 用途： 检测碱基质量分数中的系统错误。分类： 序列数据处理工具概要： 所谓的变异位点，就是与参考基因组不同的部分，假设原始数据中就存在...
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bwa+samtools+picardtools+GATK call SNP 流程call SNP GATK bwa+samtools 参考文档 一、原始数据处理 测序得到的RAW DATA，使用NGSQCToolkit进行过滤$PATH/Il...
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作者您好 我在看您的文章“BSA分析：GATK4的使用(包括bwa)”时看有人留言提到含亲本的BSA分析，很愚昧自己学习的分析，看不太懂想向您请教一下这个问题
目前我得到了亲本的两个P1.g.vcf，P2.g.vcf文件，和混池S1.g.vcf，S2.g.vcf文件
我的疑问是
在合并GVCF文件时候是将性状对应的，亲本文件和混池文件分别合并吗？P1S1合并一份，P2S2合并一份，然后将分别筛选得到的snp和indel分别采用4.2的变异筛选，最后再将两个结果进行转table进行R包的qtl作图
我之前是按照亲本和混池文件全部一起合并做了4.1的筛选过滤得到的qtl图没有显著峰，想麻烦您能够在百忙之中抽空指点一下，十分感谢BSA分析：GATK4的使用(包括bwa)
注意：版本不同，命令会不一致。一定要用对应的版本。 需要登录google账户 GATK3的下载地址[https://console.cloud.google.com/stor...
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您好 请问您提出的这个问题解决了吗 我想向您请教一下是怎么解决的
BSA分析：GATK4的使用(包括bwa)
注意：版本不同，命令会不一致。一定要用对应的版本。 需要登录google账户 GATK3的下载地址[https://console.cloud.google.com/stor...
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BSA分析（六）——QTLseqr包前言 我在犹豫是否补充一篇怎样拆分染色体进行比对和变异检测（主要是为了提高比对和变异检测效率）的帖子。开始没有规划这篇内容的原因有两点：一是内容比较简单，觉得可能用处不大；二...
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vcf文件过滤亲本纯合且差异位点
了解过vcf文件的格式之后，对亲本纯合且差异的位点进行过滤就变得简单多了。如果格式规范的话一行awk命令其实就能解决。这里为了提高脚本的适用范围，所以写的稍微麻烦了些。 脚本...
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BSA分析（五）——变异检测及样本合并
本文中vcf文件的获取主要是使用gatk的HaplotypeCaller模块，该模块的原理大概如下： 定义active regions 沿着参考基因组以一定的窗口滑动，统计比...
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SNPs calling流程（GATK4）
SNPs marker是全基因组范围应用广泛的分子标记，本文介绍生态基因组学中利用GATK4软件进行SNPs calling的流程（人的研究中可能略有不同）。以下所有分析过程...
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BSA分析：GATK4的使用(包括bwa)
注意：版本不同，命令会不一致。一定要用对应的版本。 需要登录google账户 GATK3的下载地址[https://console.cloud.google.com/stor...
