1. Seurat对象查看当前的Assay 在进行了SCTransform操作后，矩阵默认会变成SCT矩阵，如果不加设置，后续的PCA等操作都是基于SCT矩阵。修改Defau...
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单细胞数据处理小细节汇总 -
不看私信<br>看不到的文章是被简书锁了
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DESeq2差异分析十全大补使用笔记写在前面：新手老菜鸟，个人心得，不足之处欢迎交流指正；写作不易，转载前请联系我征得同意，谢谢。 1.基本原理 1.1 概述 全称：DESeq2 package for dif...
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中山大学中山医学院-基础医学博士在读<br>欢迎关注个人公众号<br><br>公众号：bioinfomics<br>博客：<a href="https://links.jianshu.com/go?to=https%3A%2F%2Fdongwei1220.github.io%2F" target="_blank">https://dongwei1220.github.io/</a><br>
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WGCNA 挑选软阈值我们今天就搞清楚这两个问题：1.什么是无尺度分布2.手工计算软阈值 无尺度分布 假如我问大家，如果你想认识世界上的任何一个人，需要通过几个人来联系？ 6个。 这个就是6度分隔...
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我换成了2.10版本的包，没有出现这个问题了
Diffbind差异片段分析
搞笑瞬间1：warning警告解决不了 搞笑瞬间2：就一个差异片段 我怀疑是样本的FRIP值太低了造成的 代码记录library(DiffBind)library(stats...
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我也遇到了这个问题，是因为diffbind包版本的原因，请问楼主你解决了吗
Diffbind差异片段分析
搞笑瞬间1：warning警告解决不了 搞笑瞬间2：就一个差异片段 我怀疑是样本的FRIP值太低了造成的 代码记录library(DiffBind)library(stats...
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现在得到的peak跟教学的一样了，不过Conc、Fold、p.value、FDR还是不一样，是不是包更新后换了很多参数
DiffBand结果差异peaks的width为什么是401？
为什么DiffBand分析所得的差异peaks长度都是401？这个问题一直没找到答案，跟别人的帖子跑的，发现教程的例子peaks的长度不是固定的，找了一些发表的文章中的附表，...
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太棒了，这个错我一直几个月都没改过来，一直都跳过diffbind这一步，现在又回来看，检查到width恒等于401就知道问题是这个了👍👍👍👍
DiffBand结果差异peaks的width为什么是401？
为什么DiffBand分析所得的差异peaks长度都是401？这个问题一直没找到答案，跟别人的帖子跑的，发现教程的例子peaks的长度不是固定的，找了一些发表的文章中的附表，...
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DiffBand结果差异peaks的width为什么是401？
为什么DiffBand分析所得的差异peaks长度都是401？这个问题一直没找到答案，跟别人的帖子跑的，发现教程的例子peaks的长度不是固定的，找了一些发表的文章中的附表，...
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Picard MarkDuplicates error: Value was put into PairInfoMap more than once
用Picard排序之后标记重复时出现错误： Exception in thread "main" htsjdk.samtools.SAMException: Value wa...
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10.单细胞 RNA-seq：聚类分析学习目标： 评估是否存在聚类过程产生的技术误差 使用 PCA 和 UMAP 图确定聚类质量，并了解何时重新聚类 评估已知的细胞类型标记与假设簇的细胞类型同一性 单细胞 RNA...
