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本节讲解如何进行 motif 预测，seqlogo 和motif位置展示。 motif预测 motif 预测使用 meme 软件进行预测，有在线和linux两种版本。在线版网...

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Aspera安装及文件上传详细教程 1.下载IBM Aspera软件，官方网址：https://www.ibm.com/aspera/connect/[https://lin...

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MCscanX 软件用来做植物基因的共线性分析, 也可以做复制基因的分类分析，查看基因家族成员是否由 segmental 复制产生。 准备MCscanX 输入文件 输入文件准...

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欢迎关注R语言数据分析指南 最近在做一个基因家族的数据分析，整理了一下以前的笔记，本节通过水稻的案例来介绍如何计算该物种旁系同源基因的ka/ks值 软件安装 数据下载 除了上...

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科研狗对美的追求是永无止境的。为了一张好看的实验结果图，那是赴汤蹈火，在所不惜。下面就跟大家介绍一个美化进化树的利器——iTOl。本文主要向大家展示一下iTOL数据集注释模...

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一、4Dtv（四倍简并位点颠换率）的定义 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...

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MCScanX一般是做基因组之间的共线性 一、MCScanX安装 MCScanX官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm下载MCSca...

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在count矩阵转化成TPM或者fpkm矩阵时会用到基因或者转录本长度进行均一化处理，那基因和转录本长度具体怎么计算那，写脚本有困难？龙哥，教你史上最简单，傻瓜操作！ 1.基...

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由于需要做微生物的De novo无参组装，查了一些资料发现大多软件需要先确定K值，而kmergenie能够根据数据的得到最佳的K值，下边记录一下安装过程 依赖： python...

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一、简介 SOAPdenovo2是用于short-read组装的软件，能够组装出类似人类基因组大小的de novo草图。SOAPdenovo主要用于大型植物和动物基因组的组装...

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前言 适合0前端基础的小白，什么配置啊，不会啊，我就想画个图先，没问题，按照步骤做，先来实现第一个图，之后官方教程会教会你更多的。 下载echarts 小白建议，直接下完整版...

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写在前面 刚开始整数据库的时候，用过viroBlast搭建Blast服务，详见用viroblast搭建本地blast网站 - 简书 (jianshu.com)[https:/...

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引言 在上文《HTTP/HTTPS》[https://juejin.cn/post/7109497228103778311]中曾谈到了代理服务器的概念，其主要作用之一就是用...

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写在前面 由于我们实验室的主要研究对象是荔枝，而在ncbi上的blast中还没收录荔枝基因组信息，所以使用起来不是那么方便。那么我们能不能实现一个本地的blast网站，使我们...

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Cutadapt安装 基本命令 例子： 常用参数 参数详解 Removing adapters Adapter 移除 Anchored 5’ adapters：adapter...

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Hi,大家好。对于做实验的小伙伴来说，我们经常需要构建进化树，那么很多人应该都会选择MEGA（Molecular Evolutionary Genetic Analysis）...

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15. 相关性图绘制 清除当前环境中的变量 设置工作目录 使用corrgram包绘制相关性图 使用corrplot包绘制相关性图 使用ggcorrplot包绘制相关性图 使用...