徒唤奈何_c5f0

手里有一批二代测序数据，之前一直想提取基因来建树，但是网上也没啥合适的教程。试过Hybsuite，Genminer2，都不太理想。Hybsuite运行过程老是报错，Genmi...

徒唤奈何_c5f0

参考这篇文章中TE与基因的分析流程：Deciphering recent transposition patterns in plants through compariso...

徒唤奈何_c5f0

在geneious里面修改，环形的带有Circular tag

GenBase 序列提交

一 个人信息填写 genbase网址 ->https://ngdc.cncb.ac.cn/genbase/submit/[https://ngdc.cncb.ac.cn/ge...

徒唤奈何_c5f0

657 2 0

徒唤奈何_c5f0

基因组直系同源基因kaks计算 LTR插入时间计算 使用HiTE可以获得从头预测的LTR的插入时间，不过使用的是水稻单子叶植物的碱基突变速率，需要换算成自己对应类群的碱基替换...

徒唤奈何_c5f0

原文是https://doi.org/10.1111/nph.70083[https://doi.org/10.1111/nph.70083] Genome screenin...

徒唤奈何_c5f0

使用singularity 由于未使用集群管理员安装的singularity，使用sif镜像运行失败，只能使用shell运行，不能exec和run，遂放弃。 本地安装 报错如...

徒唤奈何_c5f0

@Athena404 我现在注释完了，用EDTA+repeatmodeler+HiTE，得到库最后注释了大约50%

2024-07-26 关于基因组重复序列的分析

大致上可以分为两步：第一步是从情况不明（新）基因组中注释。第二步是优化和后续分析 一、注释重复序列在不同物种中含量不同，但是有TElib，比如 GyDB Intro - Gy...

Athena404

518 4 0

徒唤奈何_c5f0

1 使用conda安装EVM。conda源的evidencemodeler 不是作者编译上传的，所以pasa的依赖和库都不在，如果是重新创建环境安装EVM的话，需要安装这俩P...

徒唤奈何_c5f0

安装mysql之后忘记密码了，查看用户，重置密码，加入pasa的用户和密码。 现在已经配置好mysql的用户和密码，可以进入下一步，去除污染序列。 注意有个报错，如果在con...

徒唤奈何_c5f0

近期做hic挂载发现一个物种的染色体有问题，需要把对应两条染色体的三代测序数据挑出，比对到两条染色体上查看深度，以及挑出这部分序列重新拼接，拿到完整的染色体。

徒唤奈何_c5f0

近期在集群跑几个污染分析的流程，从conda新装了blast，之后报错。 查询可知，是因为blastn版本跟不上，但事实上我安装了最新的blast，conda查阅版本可知: ...

徒唤奈何_c5f0

1 安装 参照“基因组结构预测|Braker3流程”这篇知乎文章https://zhuanlan.zhihu.com/p/659050212[https://zhuanlan...

徒唤奈何_c5f0

使用conda安装HiTE 我本来打算安装好之后使用conda-pack迁移到服务器使用，运行之后发现有部分依赖并不能被conda-pack迁移，比如LTR识别，以及他们的依...

徒唤奈何_c5f0

我单使用repeatmodeler注释出来大概30%，有一半未知。HiTE注释出来20%，几乎没有未知。EDTA注释也差不多20%。单一的库确实注释不全，我也准备合并TEsorter再跑repeatmasker了。

2024-07-26 关于基因组重复序列的分析

大致上可以分为两步：第一步是从情况不明（新）基因组中注释。第二步是优化和后续分析 一、注释重复序列在不同物种中含量不同，但是有TElib，比如 GyDB Intro - Gy...

Athena404

518 4 0

徒唤奈何_c5f0

使用conda安装好EDTA环境 运行后发现LTR鉴定过程报错 github搜索，发现问题与LTR_retriever有关，遂指定LTR_retriever路径，报错相同。改...

徒唤奈何_c5f0

使用conda安装了Repeatmodeler，版本为Version 2.0.5。在基因组重复序列注释过程中运行时间 过长，而且最终产生的文件中只有families.stk ...