本节概览：1.在文章中找到 GEO accession number, 从NCBI获取数据SRR号2.在linux中使用prefetch命令根据SRR号下载SRA文件3.使用...
IP属地：浙江
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RNA-seq入门实战（一）：上游数据下载、格式转化和质控清洗 -
Biopython 学习记录(1)：安装与体验
在利用python语言处理生物信息学数据时，利用一些成熟的模块或类可以降低我们处理数据的难度，提高速度与增加灵活性。Biopython就是这样的一个模块，它具备解析各种生物学...
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基因组比对专题——sam文件格式详解(2)
在最近的学习工作中，我越来越认识到生物信息学分析重要的基础之一是对文件格式与含义有着深刻的认识。因此，在深入了解比对之前，必须对其中所要用到的文件格式加以研究。本文参考自SA...
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基因组比对专题--sam文件格式详尽解读 (1)
在最近的学习工作中，我越来越认识到生物信息学分析重要的基础之一是对文件格式与含义有着深刻的认识。因此，在深入了解比对之前，必须对其中所要用到的文件格式加以研究。本文参考自SA...
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我记得不太清楚了，如果看图的话可能存在小于500的？（第一条序列）
基因家族分析（4）：基因家族蛋白质模体鉴定与可视化
本文主要工作使用meme鉴定了SBT家族的蛋白质模体组成对meme鉴定结果进行处理并用ggplot2进行可视化 4.蛋白质与基因结构可视化分析 4.1 蛋白质模体预测 Pro...
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@Yorleleiyo 是的
基因家族分析（2）：基因家族鉴定与蛋白质性质简单分析
本文主要工作内容：（1）使用HMM和NCBI-CDD对基因家族进行鉴定（2）使用几个网站对基因家族表达蛋白质的简单性质进行分析 2.基因家族鉴定与基本特征探究 2.1 基因家...
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@Yorleleiyo 是的，就是这一列
基因家族分析（2）：基因家族鉴定与蛋白质性质简单分析
本文主要工作内容：（1）使用HMM和NCBI-CDD对基因家族进行鉴定（2）使用几个网站对基因家族表达蛋白质的简单性质进行分析 2.基因家族鉴定与基本特征探究 2.1 基因家...
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@Yorleleiyo ncbi的输出结果文件中有一列专门说明每个序列含有什么结构域，我在这里直接用grep和awk提取包含该结构域名称的序列id然后用seqtk提取对应序列了
基因家族分析（2）：基因家族鉴定与蛋白质性质简单分析
本文主要工作内容：（1）使用HMM和NCBI-CDD对基因家族进行鉴定（2）使用几个网站对基因家族表达蛋白质的简单性质进行分析 2.基因家族鉴定与基本特征探究 2.1 基因家...
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基因家族分析（6）：基因家族顺势作用元件可视化本文主要工作：对SBT基因家族的顺式作用元件进行可视化 4.3 顺式作用元件可视化 顺式作用元件是位于基因组上的非编码序列，它一般位于基因序列的附近，主要作用是调控基因的表达...
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因为我没接触过细菌方面的事物，只能从感觉上说方法应该是可以的
基因家族分析（0）：概念明晰
说明： 在最近的学习中完成了对基因家族分析流程的熟悉，因此想借助简书平台记录自己的学习过程。由于对基因组学只是刚刚入门，还存在很多不熟悉的东西，因此若存在理解错误的地方，欢迎...
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@e8a23daac694 感谢支持🙏
基因家族分析（5）：基因家族基因结构可视化
本文主要工作：对SBT基因家族的基因结构进行可视化呈现 4.2 基因结构可视化 可视化基因结构，无非就是展示基因区域的组成：3’,5’-UTR，exon或展示CDS，intr...
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因为电脑安装不上😭只能另寻出路
基因家族分析（5）：基因家族基因结构可视化
本文主要工作：对SBT基因家族的基因结构进行可视化呈现 4.2 基因结构可视化 可视化基因结构，无非就是展示基因区域的组成：3’,5’-UTR，exon或展示CDS，intr...
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SQLBolt，一个练习SQL的宝藏网站知乎上有人问学SQL有什么好的网站，这可太多了。 我之前学习SQL买了本SQL学习指南，把语法从头到尾看了个遍，但仅仅是心里有数的程度，后来进公司大量的写代码跑数，才算真真摸...
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借助一篇文献来探讨单细胞空间发文现状作者，Evil Genius 2022年结束了，马上也要放假过年了，新冠也好了，对象么，也有了，一起额都在往好的方向发展，但是单细胞空间的研究，一直在路上，借助一篇文献，Ma...
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基因家族分析（5）：基因家族基因结构可视化本文主要工作：对SBT基因家族的基因结构进行可视化呈现 4.2 基因结构可视化 可视化基因结构，无非就是展示基因区域的组成：3’,5’-UTR，exon或展示CDS，intr...
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基因组重复序列检测：RepeatMasker的安装及使用RepeatMasker是重复序列检测的常用工具，通过与参考数据库的相似性比对来准确识别或屏蔽基因组中的重复序列，属于同源预测注释的方式。下文除了RepeatMasker的使...
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基础分子结构(1): exon, intron, CDS, ORF, 3',5'-UTR分子生物学是生物学的分支，它致力于在分子层面对生命进行研究。换句话说，它主要聚焦于对DNA、RNA和蛋白质及它们之间的相互作用。分子生物学的基础知识对正确运用生物信息学工具有...
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Python之faker 生成测试数据在编写程序过程中，我们常常需要用到很多数据来进行测试。如果要是手动制造数据的话，肯定要花费大把精力，这不合理。此时我们应该使用 faker 这个Python库，用它来生成各种...
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强到离谱！2023年必备的21款AI工具2022年是AI技术大发展的一年，特别是ChatGPT的很空出世，让AI工具迎来大爆发，今天就给大家整理出21款免费且实用的AI工具推荐，无论是做设计还是日常学习工作都能用得...