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链特异性建库如何区分正负链？写在前面的废话 经过这两周意外的断更，我明白了一个道理，人都是具有惯性的…… 两周没写公众号，我似乎都习惯了懒惰，文章不想更了，笔记也懒得记了。 但是我没忍住双十一的诱惑，一...
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Nature Reviews Genetics20周年 综述评论review合集Nature Reviews Genetics 20 周年 review合集非常不错，整理了最近几十年一系列前沿领域的综述、评论等，像之前关于RNA-SEQ非常热门的综述文章...
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RNAseq常规流程转录组分析是生信分析的一个基础和常见的分析流程，一般从下机数据开始，经过一系列的质控，基因组比对，差异分析等过程得到实验组与对照组（或者肿瘤中的转移组和原癌组）中差异表达的基...
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比对软件STAR的使用
在之前的学习和练习里，比对这一步我使用过bowtie2（DNA比对）和hisat2（RNA-seq比对），现在学习另一个很火的软件：STAR。STAR能够发现非典型拼接和嵌合...
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2020-01-31 RNA-seq 链特异性文库 lncRNA 理解本次主要来理解一下什么是链特异性文库，为什么要构建这种文库。 首先要明确几个概念，对理解后面的讲解很有帮助： 基本概念 正链（forward strand）: 我们可以理解为...
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saddleplot | A/B compartments日常瞎掰 HiC-seq可以用来研究基因组范围内的染色体片段之间的交互情况，这其中会涉及到染色质区室(A/B compartments)的变化情况。HiC的相关概念这里不...
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HiC 数据堆积热图工具--coolpup.py最近看到的一个新的绘制HiC数据热图的工具，记录一下. 安装1.1 创建新环境 1.2 pip安装 输入 coolpup.py -v 查看软件版本. 使用2.1 利用bed文...
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【三维基因组】arrowhead call TAD？Arrowhead（https://github.com/aidenlab/juicer/wiki/Arrowhead） 在以往的calling TAD 的软件比较中，往往把...
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