日常瞎掰 在HiC的交互矩阵里，随着基因组距离的增加，染色体片段之间的交互频率降低。通过染色体距离与交互频率间的这样关系，我们可以获知全基因组范围内的pattern。并且...
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HiC | contacts vs distance -
Hi-C分析练习（从fastq文件到contact矩阵）最近纽约复工，因为每天要做实验（还得全程戴口罩，非常闷得慌），比不了之前每天都在家可以为所欲为的自学生信，所以更新也少了很多~ Hi-C的技术相关背景学习笔记我在之前有写过（...
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生信 | 三维基因组技术（三）：Hi-C 数据比对及HiC-Pro的使用写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.Hi-C原理简介 1.1 ...
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一起玩转HiC格式转换日常瞎掰 五一放假了么？ 放了！好像又没放。无所谓了，反正已经禁足快五十天了，都已经失去知觉了！有一种“不知天上宫阙，今夕是何年”的朦朦胧胧的恍惚！ 《那年那兔那些事...
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如何使用Juicebox 对juicer和3dDNA运行后的HiC结果进行可视化编辑推荐首先研读官方github教程 Juicebox Assembly Tools[https://github.com/aidenlab/Juicebox/wiki/Juic...
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遗传学 博士
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讨厌又迷人的reads去重复在NGS分析入门阶段，我们不需要考虑太多的细节，只用知道一个分析的大致流程并完整跑下来即可。太多的细节，只会让我们对于分析产生莫须有的恐惧，因此一些“无关紧要“细节就被我们刻...
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全解TOmicsVis完美应用于转录组可视化R包1. TOmicsVis R包简介 TOmicsVis v1.2.2Title: Transcriptomics VisualizationWebsite:https://b...
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链特异性建库如何区分正负链？写在前面的废话 经过这两周意外的断更，我明白了一个道理，人都是具有惯性的…… 两周没写公众号，我似乎都习惯了懒惰，文章不想更了，笔记也懒得记了。 但是我没忍住双十一的诱惑，一...
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Nature Reviews Genetics20周年 综述评论review合集Nature Reviews Genetics 20 周年 review合集非常不错，整理了最近几十年一系列前沿领域的综述、评论等，像之前关于RNA-SEQ非常热门的综述文章...
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RNAseq常规流程转录组分析是生信分析的一个基础和常见的分析流程，一般从下机数据开始，经过一系列的质控，基因组比对，差异分析等过程得到实验组与对照组（或者肿瘤中的转移组和原癌组）中差异表达的基...
