上一章我们介绍了有关于scATAC-seq的相关内容，包括scATAC-seq的优缺点、分析软件已经分析方法的介绍。从本章开始，开始介绍使用ArchR来进行scATAC-se...
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第二章 ArchR对象 -
临床试验：生存分析 (1) - Kaplan-Meier估计临床试验-肿瘤：从生存数据谈ADTTE的构建[https://www.jianshu.com/p/45714fe87267]，介绍了生存数据的定义与删失，以及ADTTE的构建...
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非参数检验：Wilcoxon检验引言 Wilcoxon检验（也被称为Mann-Withney-Wilcoxon检验）是一种非参数检验，意味着它不依赖于属于任何特定参数的概率分布家族的数据。非参数检验的目标与...
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ROGUE：计算单细胞数据中细胞群的纯度（异质性）在非监督的单细胞数据分析中，给定细胞cluster的均一性往往是不清楚的，也就是说我们并不知道分出的一个cluster中是否是一种细胞，还是依然包含了多种细胞。因此有人提出了...
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ASE（等位基因特异性表达） —— 完整流程
前段时间，接了老师一个等位基因特异性表达的任务，前后再加上其他的分析带着做，再捋流程，拖拖拉拉也用了小一个月，终于从原始测序数据，得到了最终的那张table，具体的内容基本已...
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生物数据格式 - SAM/BAM格式 sam文件是短序列比对生成的文件，是二代测序中最核心的文件。在RNAseq，变异检测等分析中，都需要首先生成sam文件格式。bam文件是sam格式的二进制格式，转换为二...
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2021-05-23 ChIP-seq数据从头到尾比对及分析汇总（个人分析记录贴）0_1 前言 有时间再详细写introduction。先把我分析数据的流程记录下来，后续持续更新。 0_2 用到的软件或脚本 测序数据质控：fastp[https://git...
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bedtools----getfasta
getfasta可以根据BED/GFF/VCF文件提供的feature在染色体上的位置信息，从fasta中提取feature的碱基序列 bedtools getfasta [...
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liftOver进行不同版本染色体位置转换
人类基因组计划启动20年，目前出了很多基因组版本2013年的GRCh38/hg38 （最新）2009年的GRCh37/hg19 （常用）2006年的GRCh36/hg18...
