最近想将单细胞数据从Seurat转换到H5AD格式，但发现Seurat V5直接转换会报错。这里记录一下解决的方案。 直接转换会报错 Error in assay.group...
IP属地：黑龙江
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R-Seurat V5 to H5AD
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单细胞seurat V5转V4格式及seurat转为h5ad格式最近在做一个分析的时候，需要使用到python，而我的单细胞数据是seurat对象，所以需要转化一下，变成h5ad。关于seurat转h5ad的方法，我们在PAGA那一部分进...
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复现cell子刊图表：Seurat包DotPlot纯修饰分面气泡图展示基因表达之前我们复现了一篇文章的GSEA图（（更新）复现Cell子刊图表：GSEA多组结果可视化函数[http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=Mzg5OTYz...
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ROGUE：计算单细胞数据中细胞群的纯度（异质性）在非监督的单细胞数据分析中，给定细胞cluster的均一性往往是不清楚的，也就是说我们并不知道分出的一个cluster中是否是一种细胞，还是依然包含了多种细胞。因此有人提出了...
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在服务器中使用R--RStudio ServerRStudio Server是网页版的RStudio，相比于单机版，它的灵活性更强，部署在服务器上后，可随时随地完成R语言的工作。并且能很方便的完成R项目的部署调试。本文介绍...
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生信分析：两款经典的检测基因组结构变异软件前一篇推送解读了今年发在NG上的鉴定玉米抗旱基因的文章。文章中一个比较关键的分析是从泛基因组水平鉴定结构变异。作者应用并评估了四款常用的软件：SyRi、Smartie-sv、...
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基于short reads的结构变异鉴定工具的综合评价本文的部分内容来源于“Comprehensive evaluation and characterisation of short read general-purpose ...
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ROGUE：评估细胞亚群纯度说在前面 我们在前面通过3篇推文介绍了张泽民老师的系列研究成果张泽民老师系列文章解读(一)[https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4MjY5...
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ROGUE： 细胞亚群纯度评估在多篇高分文章中都出现了评估细胞亚群纯度的内容，用到的是张泽民团队的ROGEU包。提出了一个基于熵的统计量(ROGUE)来准确地定量鉴定的细胞团的纯度，可应用于所有测试的sc...
