RepeatMasker二.再次学习 2023年3月16日 9:28 近期通过看文献和接触到的新的重复序列注释工具，对RepeatMasker的使用理解加深了一点点，对重复序...
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RepeatMasker注释重复序列二 -
Genewise简介及安装
Genewise是Wise2软件的核心程序，在官网上自我介绍时说自己是Ensembl的pipeline 程序，有网友提到这是一个非常老的软件，最新版本开发出来也有10多年了，...
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利用宏基因组数据组装基因组-评估篇
前言： 最近组装了一种病原体的基因组，基因组大小为610kb，结果发现在300,000-400,000之间发现很多的Gap区域，需要找一下原因。因为是用二代数据测的，我先推测...
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利用宏基因组数据组装某病原体基因组一(组装篇)一.前言： 有时候拿到某病原体感染病人的样本，未经培养而想获得病原体的基因组序列，直接利用二代测序获得进行宏基因组测序，通常思路就是通过bwa或者bowtie2与参考基因组比...
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查看服务器CPU配置
前言： 从2017年10月份我开始转入生物信息学域工作学习，医学出身又都是自己学习(闭门造车)，一路来磕磕绊绊，对于计算机硬件的理解一直是我短板，作为服务器使用者，有必要理解...
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高质量的肩突硬蜱基因组促进了蜱类科学的发展新年伊始，Nature Genetics公布了由美国Maryland大学科研人员对肩突硬蜱基因组进行测序组装的最新研究结果，这是第三版的肩突硬蜱基因组了，而上一次是2015年...
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非Root用户安装Perl模块
在安装RepeatModeler-2.0.1时，第一步配置configure文件，perl configure时提醒没有安装Perl的File::Which模块。 The f...
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转录组比对软件STAR安装及使用发现服务器上没有安装STAR (Spliced Transcripts Alignment to a Reference)，这个转录组最常用的比对工具之一，也是我之前一直的用...
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最详细的HiC-Pro使用记录及结果解读Hi-C技术通过交联等实验步骤获得空间上相连的DNA片段，即物理位置上较远的DNA片段之间的互作信息。根据染色体内部的互作概率显著高于染色体之间的互作概率将不同的contig...
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孤雌生殖的普鲁士鲤鱼同源/异源多倍体基因组的平衡进化浏览到今年在NC上发表的一篇针对孤雌生殖的六倍体普鲁士鲤鱼的基因组文章，作者组装到了单体型水平，前段时间也看到了国内学者对孤雌的银鲫的文章，发在了nature另一子刊上了，这...
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GMAP一款比对工具用于ALLHiC构建等位基因表
在ALLHiC使用过程中需要构建Allele.ctg.table，用于过滤多倍体基因组中因等位序列相似引起的HiC噪音的必要输入。官网提供了两种办法，一种是blastn，需要...
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Minimap2:三代比对工具在使用Purge_dups去冗余时，用到了Minimaps2，把学习的东西整理一下。先声明本文软件介绍的很多内容来自 “生信算法”公众号文章，用来作为自己的学习记录，原文作者...
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Seqkit：强大的序列处理工具Seqkit是一款专门处理fsata/q序列文件的软件。 github地址: https://github.com/shenwei356/seqkit 下载地址： https...
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好问题，我找找
Jellyfish进行Kmer评估基因组大小
我们对一个新物种进行基因组测定时，一般需要先对该物种进行基因组survey，估计基因组大小、杂合率、重复序列比例、GC含量和倍性等信息，其中基因组大小直接影响我们后续三代测序...
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单倍体组装工具Hifiasm简介及基本运行命令(一)随着测序技术的发展及新的组装工具的不断开发应用，基因组denovo测序及组装进入了Genomic2.0时代，我认为Genomic2.0时代的标志有两点：1. 三代长读长测序及...
