该如何系统性学习ggplot呢 如果你要从ggplot2开始一步步调制成为它这样的美图，需要下很深的功夫，一张统计图就是从数据到几何对象（点、线、条形等）的图形属性（颜色、形...
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ggplot文字标签设置之ggrepel包在很多作图中，我们都涉及过添加标签，例如火山图，一般都是用ggrepel中的geom_text_repel函数。构建一个散点图。 需要标签的点整理一个单独的文件，直接使用ge...
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单细胞原始SRA数据下载
拟下载10X基因组数据GSE134520，该数据集对应的SRA编号为SRP215370 这个数据集一共测了9个病人的单细胞数据（包括了3个浅表性胃炎、3个慢性萎缩性胃炎、6个...
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NBIS系列单细胞转录组数据分析实战（七）：空间转录组分析第七节：空间转录组分析 在本节教程中，我们将学习空间转录组的一些分析方法。10X Visium平台的空间转录组数据在许多方面是类似于scRNA-seq数据的，它包含5-20个...
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小提琴图之ggplot_split_violin()及gghalves包参考 代码来源Split Violin Plot for ggplot2 · GitHub[https://gist.github.com/Karel-Kroeze/7466...
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使用pheatmap包绘制热图加载所需R包 设置工作路径 构建测试数据集 将热图结果按聚类后的顺序输出 转载来自：作者：Davey1220链接：https://www.jianshu.com/p/1c55...
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当所有细胞基因表达量相同时如何更好的可视化？
绘制FeaturePlot时，遇到基因在所有细胞中表达水平相同展示效果不理想的情况，本文引入函数tryCatch()旨在解决上述问题，并将警告信息保存到日志文件中便于后续追踪...
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R | RStudio-server 配置
RStudio-server合集 R | RStudio-server 安装[https://www.jianshu.com/p/fc944bd4e925] R | RStu...
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空间转录组第五讲：10x spaceranger aggr合并多个样本
10x空间转录组数据跑完Space Ranger之后都会生成单个样本的cloupe.cloupe文件，这个文件可以用Loupe Browser来对单个样本进行可视化，Loup...
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空间转录组第四讲：最详细的10x空间转录组summary网页报告解读
一般我们拿到10x空间转录组数据分析的结果最先看的肯定是web_summary网页报告，因为从这个结果里面我们大概就能判断你的数据好不好，不好的问题在哪里，数据到底能不能用等...
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单细胞转录组及空间转录组学习资源
(1). 单细胞上游软件cellranger：单细胞上游软件cellranger从头说[https://www.jianshu.com/p/9a09f7ad9d93] (2)...
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Shell中的${ }、#、##、%、%%使用范例
范例 假设定义了一个变量为，【代码如下】: file=/dir1/dir2/dir3/my.file.txt 可以用${ }分别替换得到不同的值： ${file#*/}：删掉...
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linux BLAST序列比对
安装本地blast序列比对软件，我们可以搜索一个查询序列定制数据库，例如想研究一个新测序的基因组，或者感兴趣的一组蛋白质序列。有时我们希望把程序插入到一个流程中，例如搜索一个...
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两幅图叠加_ggplot2
参考书《R数据科学》 ggplot2支持图层叠加，可以直接添加多个几何对象函数 举例：叠加散点图和平滑曲线图 geom_smooth() 函数中的局部数据参数会覆盖ggplo...
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R语言绘图002-页面布局par()、layout()、split.screen()函数
par()、layout()、split.screen()函数 1. par()函数的参数详解 函数par()可以用来设置或者获取图形参数，par()本身（括号中不写任何参数...
