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零基础学生信入门笔记(R语言、Linux、Python、RNA-seq、单细胞测序、质谱流式、TCGA、GEO、单细胞经典文献解读)
医学生零基础学生信是先学Python还是先学R语言？[https://www.zhihu.com/question/432353982]如何学习R语言[https://www...
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一文读懂SV检测软件Manta的结果文件Manta输出VCF文件 Manta运行完毕后，将在$ {MANTA_ANALYSIS_PATH}/results/variants目录下输出一组VCF格式的结果文件。 如果...
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利用aspera工具下载SRA数据参考链接：http://bioinfostar.com/2017/12/23/How-to-download-SRA-data-zh_CN/[http://bioinfost...
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GATK4.0和全基因组数据分析实践（上）前言 在前面的一系列WGS文章中，我讲述了很多基因数据分析的来龙去脉，虽然许多同学觉得很有帮助，但是却缺了一个重要的环节——没有提供实际可用的数据来实战完成具体的流程，不能得...
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NGS数据比对之BWABWA[http://bio-bwa.sourceforge.net/]主要是将reads比对到大型基因组上，主要功能是：序列比对。首先为大型参考基因组建立索引，然后将rea...
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NGS 数据过滤之 TrimmomaticNGS 原始数据过滤对后续分析至关重要，去除一些无用的序列也可以提高后续分析的准确率和效率。Trimmomatic 是一个功能强大的数据过滤软件。详细说明[https://w...
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NGS 数据过滤之 Trimmomatic 详细说明
tags： Trimmomatic NGS fastq NGS 原始数据过滤对后续分析至关重要，去除一些无用的序列也可以提高后续分析的准确率和效率。Trimmomatic 是...
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NGS数据fastq质量检测之FastQC拿到数据后我们首先进行质量评估，常用工具为FastQC[https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/]...
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Seurat 新版教程：分析空间转录组数据随着转录组技术的发展，空间转录组已经正式走向商业化时代，作为单细胞数据分析的工具箱的Seurat与时俱进，也相应地开发了空间转录组分析的一套函数，让我们跟随卑微小王看看Seu...
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R语言绘图——条形图/柱状图直方图又称柱状图/条形图，用来展示连续数据分布的常用工具，用来估计数据的概率分布。 1.利用hist()函数绘制 使用格式：hist(x,breaks=n,main="nam...
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R语言绘图——散点图今天学习绘制散点图，重点是利用ggplot绘制 散点图对于显示两个连续变量之间的关系最有用 1.利用最简单的plot工具绘制 使用格式 plot(x,y,type="p",...
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R语言入门学习4——列表
列表（list）是一种特别的对象集合，该形式结构相比矩阵和数据框较为复杂，但是其允许复杂的各元素，因此可以储存许多复杂信息。as.list() 将对象转换为列表is.list...
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R语言入门学习3——矩阵
1.矩阵生成 matrix()函数as.matrix() 将对象强制转换为矩阵is.matrix()判断对象是否为矩阵matrix(data = NA, nrow = 1, ...
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R语言绘图——数据可视化ggplot2 介绍和主要的参数R 有几种用于制作图形的系统，但 ggplot2 是最优雅和最通用的系统之一。与大多数其他图形包不同，ggplot2 具有基于图形语法的底层语法，它允许您通过组合独立组件来组...
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R语言入门学习2——字符型向量
as.character(x) 将其他类型的对象想转换为字符型 is.character(x)判断x是否为字符型 nchar()函数，提取字符向量中字符串的个数 substr...
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R语言入门学习1——产生有规律的向量
1.等差数列 a:b表示从a开始，如果a b,则逐项-1注意 “:”运算的优先级高于四则运算 2.等间隔函数seq() 使用格式:seq(from = 1, to = 1, ...
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CellChat：细胞间相互作用分析利器前言 我们知道，细胞间信息传递方式一个是细胞表面配受体的相互作用，另一个通过细胞产生的可溶性小分子，即细胞因子。在单细胞数据分析中下游，有时候我们想看某几种细胞类型之间的相互...
