sunny_ab1b

输出和你一样的定量文件后，可以不用sleuth做后续分析，用DEque2做后面的分析吗，如果可以，具体方法是怎样的呀😄😄，可以分享一下不

kallisto比对参考转录组

kallisto是2016年发表在Nature Biotechnology上的一个比对工具，可以将bulk或者single-cell RNA-Seq数据的序列直接比对到转录组...

生信编程日常

4054 5 6

sunny_ab1b

你这上面只有如何导入文件做DEseq2分析，后面的该怎么做呀

RNA-seq:Kallisto+Sleuth (2)

Kallisto下游推荐的分析软件是Sleuth，所以我们本次介绍如何使用Sleuth进行相关的分析。 RNA-seq在完成转录本的鉴定及定量后，我们经常做的分析之一就是差异...

jlyq617

7509 19 14

sunny_ab1b

你好，我还想问一下，Kallisto定量输出的几个文件怎样做DEseq2分析呀，有代码分享吗😄😄

RNA-seq:Kallisto+Sleuth (2)

Kallisto下游推荐的分析软件是Sleuth，所以我们本次介绍如何使用Sleuth进行相关的分析。 RNA-seq在完成转录本的鉴定及定量后，我们经常做的分析之一就是差异...

jlyq617

7509 19 14

sunny_ab1b

你好，estcount怎么转换成rawcount呀

【转录组学】如何进行一步到位的fastq到差异分析，kallisto拯救你(一)

传统转录组的分析想必大家已经非常熟悉，无非是质控 -> 比对 -> 组装 ->定量 -> 差异分析 -> 差异表达基因功能富集分析这个套路。目前公司用的流程主要也有两个门派，...

xizzy

5870 1 7

sunny_ab1b

你好，我用以上代码差异分析出来只有20个差异基因，正常不

使用salmon和sleuth进行小麦RNA-seq差异表达分析

blast大家一定熟悉吧, 最近有大神爆出一个bug。也即参数“-max_target_seqs”并不是你理解的那样。下图红色箭头处是NCBI上的设置选项。根据NCBI的官方...

Neal_Bio

6242 9 12

sunny_ab1b

你好，我想问一下，我用这个代码做出来的差异基因只有20几个，是不是有问题呀

RNA-seq:Kallisto+Sleuth (2)

Kallisto下游推荐的分析软件是Sleuth，所以我们本次介绍如何使用Sleuth进行相关的分析。 RNA-seq在完成转录本的鉴定及定量后，我们经常做的分析之一就是差异...

jlyq617

7509 19 14