发简信
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生信 | 基因组组装实战（四）：组装软件mecat2、flye、wtdbg2、Canu、Falcon写在前面 以下内容均来自我在菲沙基因（Frasergen[http://www.frasergen.com/]）暑期生信培训班上记录的课堂笔记 1.基因组概念 基因组应该指单...
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超几何分布检验（hypergeometric test）以及R中实现超几何分布检验常用来对venn图两个圈overlap的显著性进行检验设总共有29个人，其中11个吸烟者，18个非吸烟者，现从中随机抽取16个样本（在此实验中对应着肺癌病人），...
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我不清楚是否有其他的方法，从逻辑上讲，想知道污染reads的物种，就必须知道其他物种的reference
BLAST结果可视化
老板就是上帝 上帝说要有光，于是就有了光 导师说要有可视化结果，于是我努力把结果可视化~ 前情提示 为了知道测序reads中污染物的来源，我们之前学习使用了blast，甚至为...
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转录组时间序列数据处理针对转录组数据，平时分析中最常见两组之间的比较，比如不同处理或者不同突变体。面对这样的数据用用 DESeq2 或者 edgeR 基本就差不多。如果样本量或者不同条件很多的话可...
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链特异性建库如何区分正负链？
写在前面的废话 经过这两周意外的断更，我明白了一个道理，人都是具有惯性的…… 两周没写公众号，我似乎都习惯了懒惰，文章不想更了，笔记也懒得记了。 但是我没忍住双十一的诱惑，一...
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normalized signal
你考虑过computeMatrix的工作原理么?
写在前面的话 你既然点进来了，说明你多半用过这个软件。但我猜，大多数人早期使用这个软件的时候，一定是赶鸭子上架：因为要画图，所以必须会。 但你真的懂了么？ 太长不看系列 对于...
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@05466c253c6d bedgraph文件的第四列
链特异性建库如何区分正负链？
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非链特异的不需要这么麻烦
链特异性建库如何区分正负链？
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应该不会存在吧，你是从什么文件里看到这么写的呢
DNA链方向上的小疑惑
虽然是做生物信息的，但是经常被一些基础性概念所困扰……而我又是一个强迫症，于是把这些乱七八糟的东西整理了一下，强行写了一篇小文章。东西太杂，但是彼此相关，实在想不到什么合适的...
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基因组共线性工具MCScanX使用说明MCScanX是检测基因共线性和进化分析的常用工具之一，2012发表至今引用数200+，作者之一的唐海宝老师是国内植物基因组学生信分析、软件开发领域的大拿，在学习使用MCSc...
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学会正确选择多序列比对（coding-sequences）软件前几天，实验室的师弟师妹通过本地blast获取一些没有基因组注释物种的蛋白编码序列。原本以为可以快速地进行下一步的选择压力分析，没想到却在多序列比对这一环节出现了棘手的问题。...
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MUMMER 两个基因组间比较MUMmer出现的历史背景测序技术刚开始发展的时候，大家得到的序列都是单个基因的长度，所以一般都是逐个基因的比较，用的都是BLAST或FASTA通过逐个基因联配的方式搜索数据...
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生信笔记5-GWAS与eQTL引言 GWAS与eQTL都是用于研究基因位点与表型之间关系的手段，彼此之间存在很多的区别与联系。 GWAS 全基因组关联分析（Genome Wide Association ...
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linux系统的进程优先等级调整1.如何让查看linux系统上各程序的优先级 命令如下： ps -efl 下面这2行是优先等级 top top命令输出中PR值和NI值有什么不同 NI 是优先值，是用户层面...
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@李华_cc56 把score调整一下正负
链特异性建库如何区分正负链？
写在前面的废话 经过这两周意外的断更，我明白了一个道理，人都是具有惯性的…… 两周没写公众号，我似乎都习惯了懒惰，文章不想更了，笔记也懒得记了。 但是我没忍住双十一的诱惑，一...
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RIdeogram：染色体数据可视化的R包已有的工具如circos, 只能绘制弯的染色体，又如R包chromoMap，IdeoViz，karyploteR，ggbio和在线工具Idiographica，虽然能绘制直的...
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主成分分析-PCA图的优化（R语言）
R语言的主成分分析（PCA）详解和带聚类的PCA图绘制 最近有个老师在整理文章数据，由于分组较多，想展示PCA图，说明不同分组的差异，公司默认给出的PCA图比较朴素，想做的好...
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@Kernel_real 应该能找到，只是很久没更新专业知识了而已。
从spike-in矫正到DESeq2的原理
写在前面的废话 最近在处理一批RNA-seq的数据，里面混入了spike-in。利用spike-in矫正之后，样本A的基因表达量普遍比样本B的基因表达量高3-5倍，这和我所熟...
