首先，标准化的英文是Standardization，归一化的英文是Normalization，正则化的英文是Regularization。标准化是特征缩放的一种方式，需要注意...
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正则化，归一化，标准化的区别与联系 -
[R构建函数基础篇] 计算多样性指数及绘图本节来介绍如何R来自定义构建函数来进行多样性指数计算及绘图 加载R包 导入数据 定义函数计算多样性指数 导出指数计算结果 整理绘图文件 在此选取我们需要的数据来进行展示 定义...
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三代测序数据组装（补充）nextdenovo nextdenovo 最初开发用于nanopore 数据拼接，也支持pacbio CLR 和HiFi 数据做输入。软件运行速度较快。 下载地址：http...
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利用minimap2和samtools简化目标基因组拼接
最近打算测一些干燥材料和标本材料的浅层基因组，有些材料降解严重，拼接的过程可能会比较困难。由于我们的目标主要是转录组的数据，所以试试看能不能在拼接之前将与转录组无关的序列直接...
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windows 下的blast+安装以及使用
blast+的安装 1.程序下载：访问blast本地软件包链接 blast_latest下载适合自己系统的blast版本。2.安装流程：下载完毕后，双击安装到C:\Blast...
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理解并操作BAM文件经过了第四节的长文，我想大家基本上已经知道了一个WGS流程该如何构建起来了吧。但在那一节中限于篇幅有两个很重要的文件我没能展开来讲，分别是：BAM和VCF文件。这篇我们先说B...
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基因组浏览器、BAM文件可视化工具（1）--- Tablet在高通量测序数据的处理中（例如，在重测序研究、组装结果的re-mapping校正中），我们经常会将测序reads与参考序列进行比对（常见的如BWA、Bowtie等工具），并将...
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从bam/sam 生成可视化 IGV .tdf 文件；Generating .tdf from bam/sam for IGV
Chinese version: 写在前面：半吊子生信人，一路摸摸索索各种查，为了避免忘记，还是做个记录吧 （所以参数如何改之类还是建议查官网） 老板给我sam文件，问能不能...
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2019-08-01 VCF格式的学习及对VCF文件的统计
文章来源 https://www.jianshu.com/p/38f734ae47f5 天秤座的机器狗关注 0.92018.08.03 14:52*字数 2060阅读 213...
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连雨不知春去，一晴方觉夏深
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可能会用到的R语言包~5
1 ggpmisc 添加回归曲线 2 ComplexUpset 维恩图 3 colorfindr 提取图片中的配色 4 flextable 统计模型快速出表格 参考微信公众号...
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miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】该教程分为2部分，第1部分在：miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】 到此时，原始...
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miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】该教程分为2部分，第2部分在：miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】 因为之前碰到...
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无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data without biol...无生物学重复RNA-seq分析 CORNAS: coverage-dependent RNA-Seq analysis of gene expression data wit...
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2020-03-20 人心脏发育过程中全器官的基因表达和细胞图谱一句话总结：利用空间转录方法在单细胞分辨率下探索人类心脏发育的基因表达图景，以构建一个3D器官范围的图谱。 Highlights Profiled spatiotempora...
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R package：RIdeogram （一）染色体数据可视化
安装所需要的包 RIdeogram可视化需要3个文件： 1、染色体核型文件 如,这个包带的human_karyotype数据集: 2、染色体基因密度文 如,这个包带的gene...
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如何在MAC M1芯片上安装R的Bioconductor包苹果的m1芯片已经出到了第二代的m1pro/max版本了，不少同学也是用上了新的macbook，m1芯片的优点我们已经有目共睹。虽然新版本的R的新版本和cran上的标准包如g...
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R-ggplot2-箱图系列（2） 注释P值与组间比较R-ggplot2-箱图系列（1） basic - 简书 (jianshu.com)[https://www.jianshu.com/p/bafbd08b28ef]R-ggp...
