使用软件：Geneious目的：对组装好的叶绿体基因组进行注释，注释好后进行查看，无误后绘制圈图 【注释部分】 1.首先从NCBI上下载一段与要注释的物种（目标序列）同源的物...
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利用Geneious对叶绿体基因组进行注释及查看 -
利用OGDRAW绘制叶绿体圈图＋Geneious长度的统计组装并注释完叶绿体基因组后，就要进行圈图的绘制。这里使用在线网站OGDRAW来绘制圈图。 主要参考教程：叶绿体基因组注释、圈图绘制~ CPGAVAS2，OGDRAW（图文教程...
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GENE模块---从基因组中提取启动子，UTR序列，引物设计及限定引物所产生的区域从基因组中提取启动子序列，UTR序列往往是费时费力的过程。SPDE的gene模块是专门为那些从事纯粹实验工作的老师与学生设计。其具体过程如下： 点击SPDE的gene模块（如...
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矫正基因结构注释 - 做有良心的基因家族分析写在前面 半个月前，我推了一个《任何人都能掌握-基因家族分析》的腾讯课程（原本事实是开给课题组）。在热身课程（完全免费）中，将我个人对基因家族分析的认知和其意义均做了说明，感...
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MECAT2: 三代高效组装工具
MECAT2是三代测序数据PacBio的高效组装工具，是之前MECAT的改进版, 修复了之前的很多bug, 使用基于string graph的fsa替换了之前的mecat2c...
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转录组分析1——原始数据以及过滤Counts值 对给定的基因组参考区域，计算比对上的read数，又称为raw count（RC）。计数结果的差异的影响因素：落在参考区域上下限的read是否需要被统计，按照什...
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转录组分析2——比对基因组莎莎写于2020.5.1学校第一批返校的同学已经解封了，我还在宾馆隔离我今天在这里立个Flag：每天都要写简书✍哈哈哈，可能不太现实，但是至少今天是新的一个月的开始要好好学习...
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热图 | TBtools Heatmap 从入门到精通
写在前面 2021年，新年第一天，我在忙着家里事情的间隙，分成五次（每次大概30min），录制了 TBtools 的热图（Heatmap）功能的介绍与参数详解。 TBtool...
