1 原始数据下载及转换 从GEO下载原始数据需要使用官方工具SRA-tools，安装SRA-tools 1.1 原始数据下载 进入NCBI SRA数据库[https://tr...
发简信
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单细胞转录组之从fastq到counts -
Seurat的三种单细胞数据整合方法汇总（批次校正）2022-05-24
关键词 批次效应 批次校正 单细胞数据整合 适用背景 单细胞数据由于实验平台或样本等原因会造成不同数据集之间存在批次效应，这种批次效应是人为因素造成的，没有实际的生物学意义，...
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seurat-NormalizeData()源码解析年底复盘，发现很多知识点理解并不深入，想对这些不清晰的知识点重新梳理一下。 一、NormalizeData()归一化 考虑到文库测序深度的影响，我们需要对单细胞counts矩...
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【细胞互作】细胞互作/通讯（一）古语云：天下大势，合久必分，分久必合。可见，人类在漫长的文明发展过程中总结出来：合作是提高生产效率最好的办法。而细胞在多细胞生命体形成之初就已经明白了合作的重要性，各种细胞类...
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Cell Type annotation---Cell-ID篇Cell-ID发表在NBT上面：Genesignature extraction and cell identity recognition at the single-ce...
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个人记录而已，不盈利，不保证对错，不回简信
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不看私信<br>看不到的文章是被简书锁了
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灵活指定R包的安装及加载路径在我们进行生物信息分析的过程中，有些包必须依赖旧版本的R，有些则必须在新版本的R下才能运行。然而一个服务器上R的快捷方式只能对应单一版本的R，修改R快捷命令对应的版本则需ro...
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单细胞数据的导入与质控 - Seurat
###################################### 题目：单细胞数据的导入与质控 - Seurat 语言：R Author: YQ#########...
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这里是佳奥<br><br>有疑问欢迎email或yuque平台<br><br>专注多组学挖掘基因，以及非模式植物的下游注释以及可视化工作
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学R语言的小辣鸡
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聚类分析&maker define cluster - Seurat
######################################################## 题目：1.聚类分析&maker define cluster...
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这个世界流行离开，但我们却不擅长告别
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R语言中dplyr包join函数之目前我看到过的最形象的教程所涉及的函数 Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
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【R】向量下标和子集
正整数下标 对向量x, 在后面加方括号和下标可以访问向量的元素和子集。 设x <- c(1, 4, 6.25)。 x[2]取出第二个元素； x[2] <- 99修改第二个元素...
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RNA-seq中的那些统计学问题（一）为什么是负二项分布？1. 转录组数据统计推断的难题 在RNA-seq中进行两组间的差异分析是最正常不过的了。 我们在其它实验中同样会遇到类似的分析，通常，我们可以用方差分析判定两组“分布”数据间...
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实验记录10: 用Monocle进行伪时间分析概要 本文主要讨论Seurat对象导入到Monocle中直接进行分析的可行性，分两种情况：①经过数据清洗、标准化和聚类的Seurat对象导入②未经过任何处理的Seurat对象...
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R语言循环多个文件画图生成一个or批量生成多个pdf文件
这是我第一次写简书上面的文章，为什么这一次提笔想记录一下整个下午自己遇见问题，解决问题的过程，以前都是自己解决完问题记录在有道云笔记上就OK了，今天感觉像这样的过程在以往的科...
