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现在我们已经具备采用pysam模块统计比对信息的知识了，这里我们编写一个程序来统计BAM/SAM文件的信息并使用samtools flagstat进行验证。 NA12891_...

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前言 如果对较大的bam文件进行操作时，往往相当耗时，所以将一个很大的bam文件分割为几个较小的bam文件，在并行进行分析可以大大缩短所需要的时间。通常来说分割的方法是用ba...

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Pysam操作BAM文件 Pysam包是一个处理基因组数据的python模块，它打包了htslib-1.3、samtools-1.3 和 bcftools-1.3的核心功能，...

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@Jiao_35aa 不行呢，这个软件只能是CG

识别差异甲基化区域的软件 — DMRfinder

翻译DMRfinder官方说明文档。 Introduction DMRfinder 是一款用于WGBS的C位点提取、鉴定以及DMR分析的软件，具体过程是：Bismark 软件...

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1. awk命令实现文本内容行列转化 awk -F '\t' '{for(i=1;i<=NF;i=i+1){a[NR,i]=$i}}END{for(j=1;j<=NF;j++...

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@刘万成 当时写这些东西时是刚接触生信啥也不会，学习的也不深刻，很多细节也没注意到，后来有一定的基础开始上班了忙到都忘了自己还有简书了，感谢您的提醒，我自己确实要为自己写的东西负责，我把自己早期写的那些都锁上了，有时间的话就更改一下再发，没时间了就自己留作纪念了，再次感谢您的提醒。

Homer软件的介绍-Homer 找 DNA motif

HOMER 是一套用于Motif查找和二代数据分析的工具。HOMER 中的工具是使用Perl 和C++编写的，是Linux command line based。HOMER ...

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@Kimmygogo 谢谢，学习了~

提取文件中指定列包含特定内容的所有行(awk VS python)

Bismark用于C位点提取时是区分序列环境的 (如下CX_context.txt文件)，包括：CHH、CG、CHG，现在我只想看 CG 序列环境（context）的情况，并...

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@山__2edf 学习了感谢~

提取文件中指定列包含特定内容的所有行(awk VS python)

Bismark用于C位点提取时是区分序列环境的 (如下CX_context.txt文件)，包括：CHH、CG、CHG，现在我只想看 CG 序列环境（context）的情况，并...

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确实是，这个得看自己目的，我们一般只考虑常染色体，所以只下了需要的那部分，如果都需要可以不用按照染色体这么麻烦的下载，直接下载全部完整的fa文件再建立index

运行比对软件时如何建立index

使用bowtie/bowtie2进行比对时，一般不建议自己下载基因组构建，建议直接下载索引文件。但是当你需要的参考基因组没有现成的索引文件时，还是需要我们自己构建index，...

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@风笙_b035 确实不能合并，这是刚开始学的时候机械性的跑了一下，后来才发现确实不能合并，就一直没改笔记，工作之后就不做chip相关的了时间一长就把它忘记了，谢谢提醒，我得改下了~

Chip-Seq数据处理— 上游篇

Chip-Seq数据是这篇文章里的：Super-Enhancers Promote Transcriptional Dysregulation in Nasopharynge...

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bamCoverage识别不了test.bam文件 查看deeptools功能 看起来，deeptools一切正常； 查看deeptools版本信息 重新安装deeptool...