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西澳大学生物信息博士一枚<br>研究方向: 植物泛基因组与群体基因组学的挖掘<br><br>简信不回答问题，有问题发至<br>lakeseafly50@gmail.com
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请问LTR插入时间这张图要怎么理解呢，是最高峰靠前的sg进入多倍体时间较晚吗
【SubPhaser-多倍体亚基因组分型流程解读】
写本篇文章，主要目的是从tmp文件和软件运行信息解读亚基因组分型分析。 进入tmp文件夹之后，其实就可以看到对应的文件： 如何查看什么步骤产生了怎么样的结果文件？ 上述在进行...
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您好，我想请问 如果计算得到的power很大，比如28，那是应该按照计算的结果还是按照推荐的power值呢？谢谢~
WGCNA 挑选软阈值
我们今天就搞清楚这两个问题：1.什么是无尺度分布2.手工计算软阈值 无尺度分布 假如我问大家，如果你想认识世界上的任何一个人，需要通过几个人来联系？ 6个。 这个就是6度分隔...
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请问yml文件中的weight和description_score_bit_score_weight 两个数值需要怎么确定呢？感谢楼主！
AHRD-对基因进行注释
AHRD (Automated Assignment of Human Readable Descriptions ), 对基因进行注释，包括GO。 githup直戳这里 安...
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请问筛选新转录本的条件应该怎么确定呢，请问您参考的文献是哪几篇。 谢谢！
gffcompare的使用说明
参考文献：Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie ...
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请问如果是回帖转录组到基因组上的话 -f最好选哪个呢
如何使用GMAP/GSNAP进行转录组序列比对
GMAP最早用于讲EST/cDNA序列比对到参考基因组上，可以用于基因组结构注释。后来高通量测序时代，又开发了GSNAP支持高通量数据比对，这篇文章主要介绍GMAP，毕竟高通...
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请问注释时使用的bed文件应该是什么格式呢，将gff转换成bed文件然后在readTranscriptFeatures这一步一直报错
MethylKit 使用手册
methylKit是一个用于分析DNA甲基化测序数据的R包，其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点/区域的注释。 1. 加载原始数据 DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...
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请问要怎么找病毒基因组数据库？
如何处理NGS数据中的污染？
本次文章和大家讨论一个大家可能胡遇到很常见的一个问题，在测序中我们很难避免引入一些微生物污染或者人类的污染，例如，我想测序拟南芥，其中由于实验员的操作不够干净，很容易引入一些...
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请问bsmap中使用methratio.py输出的文件中，最后两列是95%置信区间，直接用这个区间判断可以吗
植物甲基化位点状态的判定（bismark之后，call DMR之前，二项分布与FDR校正）
狂躁的两天，什么都不想干。写点东西吧。 甲基化原始数据在质控和mapping之后，需要进行状态的判定，也就是说extract出的这些位点发生甲基化可信度有多高，有没有需要过滤...
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请问在运行时出现 [blastall] ERROR: genome_3_202288: BioseqFindFunc: couldn't uncache 是因为什么，前三步的结果已经生成了
「基因组注释」MITE-Hunter鉴别基因组的MITE序列
背景篇 MITE属于II类非自主转座因子，并且在真核生物中存在大量的拷贝。 MITE长度大约是500bp，并且扩增速度非常快。2013年一篇发表在NAR的文章"P-MITE:...
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请问用repeatmasker得到的gff文件可以使用吗，如果染色体是1-1，1-2，2-1，2-2这种的话要怎么修改呢？谢谢！
生成用于circos的基因密度文件的python脚本
最近在做circos图，由于我的重复序列的gff文件不是标准格式，无法用软件生成，只好自己写一个python脚本，本脚本可处理各种类似gff格式的文件，转化为适用于circo...
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请问是只考虑CpG吗，可以加上CHH和CHG吗
识别差异甲基化区域的软件 — DMRfinder
翻译DMRfinder官方说明文档。 Introduction DMRfinder 是一款用于WGBS的C位点提取、鉴定以及DMR分析的软件，具体过程是：Bismark 软件...
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请问使用bismark2bedGraph --CX得到的CHG和CHH 的cov文件和bismark_methylation_extractor 得到的CG.cov三个文件是可以直接汇总然后用DSS分析吗，还是在bismark_methylation_extractor使用--CX可以直接得到一个完整的cov文件？
WGBS，bismark，DSS包与植物
吐槽达人再次上线！最近在分析WGBS，跳了很多坑！为什么很多的比对软件默认只对CpG排序？我们大植物领域CHG和CHH同样重要！好吗？好的！今天就我在分析甲基化过程中遇到的一...
