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  • 请问LTR插入时间这张图要怎么理解呢,是最高峰靠前的sg进入多倍体时间较晚吗

    【SubPhaser-多倍体亚基因组分型流程解读】

    写本篇文章,主要目的是从tmp文件和软件运行信息解读亚基因组分型分析。 进入tmp文件夹之后,其实就可以看到对应的文件: 如何查看什么步骤产生了怎么样的结果文件? 上述在进行...

  • 您好,我想请问 如果计算得到的power很大,比如28,那是应该按照计算的结果还是按照推荐的power值呢?谢谢~

    WGCNA 挑选软阈值

    我们今天就搞清楚这两个问题:1.什么是无尺度分布2.手工计算软阈值 无尺度分布 假如我问大家,如果你想认识世界上的任何一个人,需要通过几个人来联系? 6个。 这个就是6度分隔...

  • 请问yml文件中的weight和description_score_bit_score_weight 两个数值需要怎么确定呢?感谢楼主!

    AHRD-对基因进行注释

    AHRD (Automated Assignment of Human Readable Descriptions ), 对基因进行注释,包括GO。 githup直戳这里 安...

  • 请问筛选新转录本的条件应该怎么确定呢,请问您参考的文献是哪几篇。 谢谢!

    gffcompare的使用说明

    参考文献:Transcript-level expression analysis of RNA-seq experiments with HISAT, StringTie ...

  • 请问如果是回帖转录组到基因组上的话 -f最好选哪个呢

    如何使用GMAP/GSNAP进行转录组序列比对

    GMAP最早用于讲EST/cDNA序列比对到参考基因组上,可以用于基因组结构注释。后来高通量测序时代,又开发了GSNAP支持高通量数据比对,这篇文章主要介绍GMAP,毕竟高通...

  • 请问注释时使用的bed文件应该是什么格式呢,将gff转换成bed文件然后在readTranscriptFeatures这一步一直报错

    MethylKit 使用手册

    methylKit是一个用于分析DNA甲基化测序数据的R包,其核心功能是差异甲基化分析和差异甲基化位点/区域的注释。 1. 加载原始数据 DNA甲基化文件格式如下: 每一行是...

  • 请问要怎么找病毒基因组数据库?

    如何处理NGS数据中的污染?

    本次文章和大家讨论一个大家可能胡遇到很常见的一个问题,在测序中我们很难避免引入一些微生物污染或者人类的污染,例如,我想测序拟南芥,其中由于实验员的操作不够干净,很容易引入一些...

  • 请问bsmap中使用methratio.py输出的文件中,最后两列是95%置信区间,直接用这个区间判断可以吗

    植物甲基化位点状态的判定(bismark之后,call DMR之前,二项分布与FDR校正)

    狂躁的两天,什么都不想干。写点东西吧。 甲基化原始数据在质控和mapping之后,需要进行状态的判定,也就是说extract出的这些位点发生甲基化可信度有多高,有没有需要过滤...

  • 请问在运行时出现 [blastall] ERROR: genome_3_202288: BioseqFindFunc: couldn't uncache 是因为什么,前三步的结果已经生成了

    「基因组注释」MITE-Hunter鉴别基因组的MITE序列

    背景篇 MITE属于II类非自主转座因子,并且在真核生物中存在大量的拷贝。 MITE长度大约是500bp,并且扩增速度非常快。2013年一篇发表在NAR的文章"P-MITE:...

  • 请问用repeatmasker得到的gff文件可以使用吗,如果染色体是1-1,1-2,2-1,2-2这种的话要怎么修改呢?谢谢!

    生成用于circos的基因密度文件的python脚本

    最近在做circos图,由于我的重复序列的gff文件不是标准格式,无法用软件生成,只好自己写一个python脚本,本脚本可处理各种类似gff格式的文件,转化为适用于circo...

  • 请问是只考虑CpG吗,可以加上CHH和CHG吗

    识别差异甲基化区域的软件 — DMRfinder

    翻译DMRfinder官方说明文档。 Introduction DMRfinder 是一款用于WGBS的C位点提取、鉴定以及DMR分析的软件,具体过程是:Bismark 软件...

  • 请问使用bismark2bedGraph --CX得到的CHG和CHH 的cov文件和bismark_methylation_extractor 得到的CG.cov三个文件是可以直接汇总然后用DSS分析吗,还是在bismark_methylation_extractor使用--CX可以直接得到一个完整的cov文件?

    WGBS,bismark,DSS包与植物

    吐槽达人再次上线!最近在分析WGBS,跳了很多坑!为什么很多的比对软件默认只对CpG排序?我们大植物领域CHG和CHH同样重要!好吗?好的!今天就我在分析甲基化过程中遇到的一...