原创： 大土豆力 [生信菜鸟团] 希望大家多多的支持 原文 hi，这里是手把手带你学Python3系列阶段性小结。 大概两个多月前，我开设了这个「老坑」，内容非常基础，如果一...
发简信
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生信分析方向如何系统入门python3（2019持续更新）
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fastqc质控及multiqc整合使用记录
fastqc使用比较方便的可以设置线程批量操作，可以使用 MultiQC 综合报告查看。 重点还是记录一下fastqc的结果报告： fastqc结果查看 1. 产生两个结果文...
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@刘铁东
不客气哈
hmmsearch的报错方案小试
最近又重新做起了进化，这里就记录一下的在这个过程中遇到的问题吧~这里转述一下师弟的提问： 报错情景：hmmer / hmmsearch，在使用pfam下载的文件时，并不报错，...
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如果是自己构建的hmm文件，不是用参数 --cut-ga --cut-nc --cut-tc 跑跑试试
hmmsearch的报错方案小试
最近又重新做起了进化，这里就记录一下的在这个过程中遇到的问题吧~这里转述一下师弟的提问： 报错情景：hmmer / hmmsearch，在使用pfam下载的文件时，并不报错，...
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circRNA最新文献阅读笔记 | CELL | 合集 1901-1905
简单回顾一下19年 circRNA 报道的大事件（CELL合集） 2019年2月7日 (农历己亥年正月初三) 首篇文章报道了癌症中 circRNA 的研究工作，研究通过比较报...
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circRNA最新文献阅读笔记 2 | CELL | 翻译相关
编者按 几乎是一月一推的，5月29日 CELL Resources 报道了circRNA 在人类心脏翻译的研究进展。 circRNA 翻译研究方法及背景点下面的链接可以快速获...
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hmmsearch的报错方案小试最近又重新做起了进化，这里就记录一下的在这个过程中遇到的问题吧~这里转述一下师弟的提问： 报错情景：hmmer / hmmsearch，在使用pfam下载的文件时，并不报错，...
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circRNA最新文献阅读笔记 1 | CELL | 免疫相关
简书上的文献笔记排版还没有摸透，大家可以移步公号查看，有不便之处，敬请谅解。链接地址：https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzUzMTEwODk...
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你好，我想问下，hmmsearch中这三个参数应该如何条挑选使用，这些对应的模型是不是在分析中也有很大的差异？
我大致翻译了一下：
--cut_ga : use profile's GA gathering cutoffs to set all thresholding
使用文件的GA gathering cutoffs来设置所有的阈值
--cut_nc : use profile's NC noise cutoffs to set all thresholding
使用文件的NC noise cutoffs来设置所有阈值
--cut_tc : use profile's TC trusted cutoffs to set all thresholding
使用文件的TC trusted cutoffs来设置所有阈值HMMER3.1使用
最近在探索全基因组基因家族的分析方法，而找到某一家族需要通过保守结构域来预测，从而找到物种的某一基因家族，从而进行之后的分析。这里就需要用到HMMER3.1软件，鉴定物种某一...
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circRNA_KINFE_MEGA网盘使用记录这里记录是的 MEGA 网盘使用方法。 最近使用KNIFE测试数据分析的过程中，作者在github上提供了MEGA网盘的链接，方便下载已建立完整的索引，如下图。这里使用的ma...
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#GTF/GFF格式# gffread入门使用
首先了解一下GTF/GFF的格式https://asia.ensembl.org/info/website/upload/gff.html两者的关系如下 GTF (gene ...
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HiC-Pro实战 #3D基因组 #表观遗传
首先在此感谢jimmy非常详尽的教程 HiC数据分析实战之HiC-Pro本文为三维基因组学习笔记的第二篇，主要记录HiC-pro的安装遇到的问题及部分实战。 安装 首先根据要...
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#3D基因组 #表观遗传本篇简单介绍3D基因组在近期主流的两个获得数据的手段：Hi-C及ATAC-seq。 首先需要理清几个概念： 1. 染色体疆域（Territory）：指每条染色体都占据着一个独...
不客气哈
