生物信息学分析和作图是科研狗们的必备技能。近几年，随着数据类型的增多，excel、SPSS等常用软件已经不能满足科研需求了。R语言以其方便、快捷的优势，迅速获得许多编程技术不...
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常用生物信息学分析在线网址 -
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蛋白质的可视化，预测模拟和分子互作（一）
先来一张图，总结一下 蛋白质的结构描述 基因序列->氨基酸->组合表达成结构->氨基酸脱水缩合形成肽链，肽链折叠形成三级结构以后才能发挥作用。 蛋白质结构预测的原理 通过一堆...
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基因组共线性工具MCScanX使用说明MCScanX是检测基因共线性和进化分析的常用工具之一，2012发表至今引用数200+，作者之一的唐海宝老师是国内植物基因组学生信分析、软件开发领域的大拿，在学习使用MCSc...
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基因组共线性工具MCScanXMCScanX一般是做基因组之间的共线性 一、MCScanX安装 MCScanX官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm下载MCSca...
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MCScanX:分析基因组共线性
说在前面：官网http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/index.php信息很全面，有示例代码/Manual手册，你值得拥有。以下内容基本出自官...
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PPI网络实战:String加Cytoscape联手挖掘PPI网络
欢迎关注”生信修炼手册”! 在之前的文章中，我们提到利用网络聚类算法可以从复杂的蛋白质网络中挖掘蛋白复合体或者相应的功能模块，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白复合体的算法...
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PPI网络实战：String+CytoScape+MCODE插件上传DEGs gene_list到String 调整分析参数 然后下载tsv文件 同时下载图片 将前两列导入到cytoscape 导入到cytoscape 通过MCODE分析...
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cytoscape及APP(插件)使用手册
写在前面： 对于我们大多数来说，用图形或图表更比数据本身更能说明问题，更容易让人理解，并且可以赏心悦目。细胞内部，大量的分子时刻都在发生着变化或相互作用。对于我们来说，了解这...
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MCScanX ‖ 安装、报错解决方法及简单使用1.简介： （1）介绍：MCScanX[http://chibba.pgml.uga.edu/mcscan2/#tm]采用改进了的MCScan算法，分析基因组内或者基因组间的...
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2019-10-31OrthoFinder-----准确推断直系同源物、直系同源群、有根物种和基因树、基因复制事件(一)注：图简单介绍 Proteomes：有三个物种，每个方框内的存在旁系同源(存在于一个物种中，因基因复制而被区分开，且功能发生改变)(图中体现为形状不一样)，不同方框之间存在直...
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同源染色体片段检测工具ColinearScan的使用写在前面 更好的阅读体验请移步这里。确定染色体同源片段是基因组学研究的一个重要方面，有助于揭示基因组在历史上发生的多种多样的进化事件，如DNA复制、染色体重排、基因丢失等。研...
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String：蛋白互作网络(PPI)分析数据库
String数据库是一个搜索已知蛋白质之间和预测蛋白质之间相互作用的数据库，该数据库可应用于2031个物种，包含960万种蛋白和1380万中蛋白质之间的相互作用。它除了包含有...
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5️⃣蛋白质的特征信息2:信号肽的预测和识别序列比对和序列特征分析总目录 信号肽signal peptide是新合成多肽链中的末端（通常N末端）的氨基酸序列，这个序列可以指导蛋白质的跨膜转移。信号肽中包含至少一个带正电...
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「JCVI教程」如何基于物种的CDS的blast结果绘制点图(dotplot)这是唐海宝老师GitHub上的JCVI工具的非官方说明书。该工具集的功能非常多，但是教程资料目前看起来并不多，因此为了能让更多人用上那么好用的工具，我就一边探索，一边写教程 ...
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5️⃣ 蛋白质序列基本和特征信息分析(1) :蛋白质序列基本信息分析(氨基酸组成，理化性质，亲疏水等)[序列比对和序列特征分析总目录](https://www.jianshu.com/p/878f2b2495ae 蛋白质是生命功能的执行者，一切生命活动都与蛋白质有关。我们知道...
