前言 在生物信息学数据分析中，许多分析软件都是基于R开发的。这里介绍一个可以在Python 中进行基因富集分析的Python 软件 GSEAPY (Gene Set Enri...
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[GSEAPY] 在Python里进行基因集富集分析 -
EGA(European Genome-Phenome Archive)数据申请下载2023-6-13更新 太大的数据还是放弃下载吧几个月过去，本来以为pyega3不行的话ascp肯定行结果43T下载下来17T，c4gh解码失败了一半有这些时间干点啥不好，裂...
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不用收费，但是需要申请
EGA(European Genome-Phenome Archive)数据申请下载
2023-6-13更新 太大的数据还是放弃下载吧几个月过去，本来以为pyega3不行的话ascp肯定行结果43T下载下来17T，c4gh解码失败了一半有这些时间干点啥不好，裂...
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PASA（2.4.1）使用记录
文章仅是记录自己的学习使用，有错误请指出，我立刻改正！ 官方说明：https://github.com/PASApipeline/PASApipeline/wiki[http...
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使用prefetch下载sra文件一直不动的原因
单独下载一个文件半天0输出，使用sbatch下载多个文件很久之后报错： 真相只有一个！就是sratool的版本太低了。 不要用conda下载，conda里sratool的版本...
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pyqt时灵时不灵的解决方案 qt.qpa.xcb: could not connect to display
此方法只适用于①相同服务器下之前行，现在突然不行；②其他人行，你不能行的情况。 故事的起因是我在新的服务器，重配的conda环境下使用ete3绘图时报了下面的错误 这个错误很...
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一起看文献吧-菜鸟团一周文献推荐(No.3)
文章链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6426083/#ref-11 文章题目：Relative Abundan...
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RNA-Seq分析|RPKM, FPKM, TPM, 傻傻分不清楚？在RNA-Seq的分析中，对基因或转录本的read counts数目进行标准化（normalization）是一个极其重要的步骤，因为落在一个基因区域内的read count...
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微生物组16S rRNA数据分析小结：从fastq测序数据到OTU table笔记内容：由二代测序产生的序列数据（fastq格式）到物种丰度的OTU table， 样本群落距离矩阵，物种多样性指数，序列的进化树及物种注释信息的分析结果，为常规分析流程。...
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R语言中dplyr包join函数之目前我看到过的最形象的教程所涉及的函数 Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
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TCGA项目样本含义
我们在使用TCGA数据库的时候往往会下载很多个样本数据，他们都有一个特定的sample id，通常是TCGA-AA-BBBB-CC格式。 从TCGA官网[https://do...
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基因组注释文件（二）| gff 和 gtf文件格式说明
简介 GFF和GTF是两种最常用的基因组注释格式，在信息分析中建库时除了需要fasta文件一般还会需要这两种文件，提取需要的信息进行注释。 一、GFF GFF(General...
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小白必看一代二代三代测序：简介、区别、流程
The Beginner's guide to bulk RNA-Seq Analysis - SilicoGene[https://silicogene.com/blog/...
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vscode 远程连接ssh一直让输入密码尝试了网上多种方法未果，结合豆包给出了一个可行的方案。（插个话，感觉写代码豆包比deepseek好用啊） 首先打开vscode→查看→命令面板 然后分步分别执行图中操作，一定...
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生信中的calling含义今天看文章看到variant calling这个词，简单理解感觉是找变异的意思，但又怕不对，就搜索了解了一下。然后发现确实是这个意思，variant calling指的是目标...
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如果有需要我修改过的这一版csl 文件，关注➕点赞，然后私聊我，我给你发😄
zotero国科大学位论文参考文献格式
国科大学位论文格式要求和GB/T 7714—2015还有点不太一样，所以在zotero里不能直接找到符合要求的参考文献格式。不同所之间的格式可能也会有差别，我发现两种格式，一...
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@Jordan局外人 可能每个所要求不一样吧，我们所就是按照我写的这个格式来的
zotero国科大学位论文参考文献格式
国科大学位论文格式要求和GB/T 7714—2015还有点不太一样，所以在zotero里不能直接找到符合要求的参考文献格式。不同所之间的格式可能也会有差别，我发现两种格式，一...
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Hi-C技术的初步了解最近的一次组会上看到实验室的同学汇报的结果里有Hi-C的图，所以我就悄咪咪的去了解了一下Hi-C技术的原理。整理一下。 Q1: Hi-C的全称是什么？ A: 高通量染色体构象...
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Dream it. Wish it. Do it.【送给所有支持我的小伙伴们】距离第一篇简书笔记（2019-8-20）已经一年有余了，本来是想在一周年的时候写一篇心路历程的，后来一想，还是等到粉丝数破千的时候再写更有意义。因为正是这些支持我的小伙伴们的...
