前言 在生物信息学数据分析中，许多分析软件都是基于R开发的。这里介绍一个可以在Python 中进行基因富集分析的Python 软件 GSEAPY (Gene Set Enri...
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[GSEAPY] 在Python里进行基因集富集分析 -
EGA(European Genome-Phenome Archive)数据申请下载2023-6-13更新 太大的数据还是放弃下载吧几个月过去，本来以为pyega3不行的话ascp肯定行结果43T下载下来17T，c4gh解码失败了一半有这些时间干点啥不好，裂...
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PASA（2.4.1）使用记录
文章仅是记录自己的学习使用，有错误请指出，我立刻改正！ 官方说明：https://github.com/PASApipeline/PASApipeline/wiki[http...
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一起看文献吧-菜鸟团一周文献推荐(No.3)
文章链接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6426083/#ref-11 文章题目：Relative Abundan...
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RNA-Seq分析|RPKM, FPKM, TPM, 傻傻分不清楚？在RNA-Seq的分析中，对基因或转录本的read counts数目进行标准化（normalization）是一个极其重要的步骤，因为落在一个基因区域内的read count...
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微生物组16S rRNA数据分析小结：从fastq测序数据到OTU table笔记内容：由二代测序产生的序列数据（fastq格式）到物种丰度的OTU table， 样本群落距离矩阵，物种多样性指数，序列的进化树及物种注释信息的分析结果，为常规分析流程。...
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R语言中dplyr包join函数之目前我看到过的最形象的教程所涉及的函数 Mutating Joins: inner_join(), left_join(), right_join(), full_join() Filtering J...
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基因组注释文件（二）| gff 和 gtf文件格式说明
简介 GFF和GTF是两种最常用的基因组注释格式，在信息分析中建库时除了需要fasta文件一般还会需要这两种文件，提取需要的信息进行注释。 一、GFF GFF(General...
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Hi-C技术的初步了解最近的一次组会上看到实验室的同学汇报的结果里有Hi-C的图，所以我就悄咪咪的去了解了一下Hi-C技术的原理。整理一下。 Q1: Hi-C的全称是什么？ A: 高通量染色体构象...
