作者：麦茬道审稿：童蒙编辑：amethyst 随着生物信息数据的爆发式增长，存储生物信息的文件格式也多样化起来，不同的文件格式往往有不同的目的：为了软件之间的兼容性；人类可读...
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Sam/Bam文件格式详解
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全转录组关联分析TWAS的原理与方法
作者：Resther审稿：童蒙编辑：angelica 什么是TWAS 对GWAS（genome-wide association study, 全基因组关联分析）大家应该比较...
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SMR 参考数据下载链接SMR 孟德尔随机化分析参考数据下载链接： 链接：https://cncr.nl/research/magma/[https://cncr.nl/research/magma...
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一起来了解一下基因区间RangeData刘小泽写于19.3.30我们肯定都遇到许多利用坐标去处理范围信息的需求，比如要定位基因组的某个位置，这个位置可能代表了gene model 、genetic variants...
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SJ.out.tab 每一列的示意(STAR比对结果)来源：https://jp.support.illumina.com/content/dam/illumina-support/help/Illumina_DRAGEN_Bi...
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TwoSampleMR 报错解决：Error in r$status_code : $ operator is invalid for atomic vectors
运行以下代码的时候报错： 简单看了下 available_outcomes() 函数的源码，不是TwoSampleMR的问题，应该是 ieugwasr::gwasinfo 函...
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图卷积网络：GCNConv函数好文推荐：https://zhuanlan.zhihu.com/p/603486955[https://zhuanlan.zhihu.com/p/603486955]；htt...
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为什么计算标准差时，分母使用的是 n-1 而不是 n
用个简单的例子马上就懂了： 1.你的数据：假设你现在从 100 个病人中收集到了一组数字（每个人的身高）。 2.你的任务：你需要用这组数字来估计整个人群的身高波动即标准差（比...
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TCGA 数据库下载肿瘤样本病理切片FFPE（福尔马林固定石蜡包埋）2024年TCGA迎来改版，本文介绍的下载方式有一定变化。详见：https://mp.weixin.qq.com/s/q6XFdEBWRHDfIHi09suIFQ[https...
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三元相图怎么看怎么画（附R代码示例）什么是三元相图 三元图是重心图的一种，它有三个变量，但需要三者总和为恒定值。在一个等边三角形坐标系中，图中某一点的位置代表三个变量间的比例关系。在群体遗传学中，它被称做Fin...
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h5py库：HDF5文件处理/fast5示例
HDF5数据初步了解可以参考这个链接：https://zhuanlan.zhihu.com/p/104145585[https://zhuanlan.zhihu.com/p/...
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使用R语言构建ceRNA网络（circRNA-miRNA-mRNA）生信碱移 轻松构建ceRNA网络 ceRNA网络是一种新型的基因调控机制，可以通过共享microRNA（miRNA）来影响彼此的表达，导致疾病或某种表型的改变。在这篇文章中，...
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Monocle2拟时序报错：Error in orderCells: long vectors not supported yet
Error in orderCells: long vectors not supported yet 报错的具体信息： 这个报错的原因是细胞数量太多导致矩阵太大，在mono...
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深入解析Seurat整合单细胞数据函数FindIntegrationAnchors 2（CCA和L2正则化算法）hi 各位，今天我们来深入了解一下Seurat做多样本整合的深入算法，CCA算法以及FindIntegrationAnchors函数中的的参数l2.norm 先来知道一下C...
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单细胞转录组分析中的各种数据结构
单细胞分析世界里数据结构多种多样，主流的四种数据结构分别是Bioconductor主导的SingleCellExperiment，Seurat中的SeuratObject格式...
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