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好的，多谢啦，回头我学习学习。
一文讲完叶绿体基因组比较分析的全部软件和配套ggplot绘图脚本
前段时间，发表了一篇叶绿体基因组比较分析文章。尽管这类套路文已经不再热门，但在准备数据分析的过程中，仍感各种资料教程之零散，各种文章的做图工具也是令人眼花缭乱。故此，列出个人...
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@逸尘缘 这很难说，需要看看报错信息。先看看是否这个bowtie2依赖的确装上了？还不行的话，可以指定一下bowtie2的版本试试。
叶绿体基因组的GetOrganelle组装、批量任务和结果合并
1 叶绿体的组装 1.1 GetOrganelle的安装 此处默认Anaconda已经安装，那么使用下面的命令即可安装GetOrganelle： 1.2 GetOrganel...
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我看了一下，应该是从misa生成的statistics文件中手动整理出来的。
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1. 你的数据的成熟比较低，这对于想要组装成环来说可能比较困难。
2. 第一肯定要优化参数，按照我上面写的，更高的R，更多的k，更多的reads（--reduce-reads-for-coverage inf），或者自己指定更近缘的参考基因组。又或者将你的contigs和参考基因组map一下，看看具体有多少gap，然后尝试使用Bandage来解环试试。
3. 如果还不能成环，可以使用其他的组装软件试试。
4. 最后还不行的话，对于系统发育分析少量的gap倒也不是大问题，不太影响进化分析的。叶绿体基因组的GetOrganelle组装、批量任务和结果合并
1 叶绿体的组装 1.1 GetOrganelle的安装 此处默认Anaconda已经安装，那么使用下面的命令即可安装GetOrganelle： 1.2 GetOrganel...
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我没有组装过线粒体基因组，但应该是可以的，如果不有近缘类群的参考基因组的时候。如果没有的话可以麻烦一些，线粒体的结构变异比较大。
叶绿体基因组的GetOrganelle组装、批量任务和结果合并
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人丑就要多读书呀
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@调包侠_8717 明白了，这样应该是最好的，当时没有这样想。不过我当前这个阈值的方法应该也够用了，两个异构体都去比较的话，反向的那个比对会比较慢，虽然这点时间也没啥。
叶绿体基因组的GetOrganelle组装、批量任务和结果合并
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不太确定你的意思，两个异构体之间由于小单拷贝区的反向，遗传距离应该差异很大。根据我的经验，高等植物组装成环的结果一般只会出现两个异构体，多个异构体一般为组装有问题的情况，所以我在代码中直接不处理多个fasta结果的情况，返回提示“请确保结果成环”
叶绿体基因组的GetOrganelle组装、批量任务和结果合并
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应该是可以的，不过三代数据我也没有接触过，不知道如何处理读长和准确度上的差异。
叶绿体基因组的GetOrganelle组装、批量任务和结果合并
1 叶绿体的组装 1.1 GetOrganelle的安装 此处默认Anaconda已经安装，那么使用下面的命令即可安装GetOrganelle： 1.2 GetOrganel...
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一文讲完叶绿体基因组比较分析的全部软件和配套ggplot绘图脚本前段时间，发表了一篇叶绿体基因组比较分析文章。尽管这类套路文已经不再热门，但在准备数据分析的过程中，仍感各种资料教程之零散，各种文章的做图工具也是令人眼花缭乱。故此，列出个人...
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叶绿体基因组的GetOrganelle组装、批量任务和结果合并1 叶绿体的组装 1.1 GetOrganelle的安装 此处默认Anaconda已经安装，那么使用下面的命令即可安装GetOrganelle： 1.2 GetOrganel...
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@王雪琴_e546 很早之前就听说了，但也是一直没有用过。
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