轨迹分析系列： 单细胞之轨迹分析-1：RNA velocity[https://www.jianshu.com/p/ee0f7a8e6a06] 单细胞之轨迹分析-2：mono...
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单细胞之轨迹分析-3：monocle3 -
无痛从seurat迁移到monocle3（UMAP seurat cluster）
注意，这里使用的seurat对象要求已经run过runUMAMP()findCluster等函数，否则也没有必要把seurat的结果弄到monocle3的cds对象里 1. ...
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实验记录10: 用Monocle进行伪时间分析概要 本文主要讨论Seurat对象导入到Monocle中直接进行分析的可行性，分两种情况：①经过数据清洗、标准化和聚类的Seurat对象导入②未经过任何处理的Seurat对象...
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Fastqc用腻了，来试下这个R包吧
平时拿到数据后首先要进行质控环节，其中FastaQC软件的使用最为广泛，它可以为每一个样品生成一个html报告和一个‘zip’ 文件，zip解压之后生成fastqc_data...
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如何从一条mRNA序列得到对应的蛋白这是一篇拖了一个月的稿子。我要晒出事情始末。 初见，因为一句话被吐槽8遍 其实我是10月13号刚认识果子师兄，他来北京做线下培训，我就去凑热闹了。北京那几天比较冷，我好心提醒...
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cell ranger分析结果详细解读
欢迎关注”生信修炼手册”! cell ranger输出结果目录结构如下所示 输出文件非常的多，为了方便查看结果，提供了一个所有结果汇总的html页面，即web_summary...
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10X单细胞测序分析软件:Cell ranger单细胞测序有着漫长的过去，却只有短暂的历史---谁说的！ 说她漫长是因为到如今也有十几年的历史了，说她段短暂是因为针对单细胞的分析工具越来越有意义开发周期却越来越短。一般生物...
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如何快速查找物种间对应的同源基因有时候，大家做实验以小鼠为模型，但希望查看与之对应的人同源基因。像这种情况，我们可以不需要进行序列比对来查找，因为比较麻烦。使用公共数据可能更高效。 1.基于NCBI Hom...
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2020-08-28 SingleR v1.2.4单细胞自动注释软件首先SingleR属于不基于Prior Knowledge的注释方法；相对应的还有基于Prior Knowledge的方法，比如CellAssign，但两个用起来都不是很顺手...
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细胞类型鉴定|| 你要的SingleR教程，一本书够不够An ancient interdimensional horror who has recently awoken from his aeons-long slumber....
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2019-10-22 R语言Seurat包下游分析-1下游分析 cellranger count 计算的结果只能作为错略观测的结果，如果需要进一步分析聚类细胞，还需要进行下游分析，这里使用官方推荐 R 包（Seurat 3.0）...
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SingleR || 单细胞细胞类型定义工具注：本教程的SingleR是老版本的(1.0.0)，由于SingleR在Revised: December 18th, 2019已经升级到SingleR 1.0.5，新版本的...
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单细胞测序细胞类型鉴定
细胞类型鉴定 细胞类型鉴定分两种思路一种是基于Marker gene， 看某个亚群的差异基因（one to others）与数据库中哪种细胞类型的 marker gene 比...
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单细胞测序分析之Seurat（3.0）包学习笔记上一篇文章深入学习了Monocle2包，这次来继续学习Seurat包。Seurat官方网站：https://satijalab.org/seurat/v3.1/pbmc3k_...
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cellranger使用的初步探索（2）理解cellranger count输出文件在上一篇笔记的结尾处，提到了cellranger count这一步，之前几天我一直是用的服务器里128G和200G的内存试着运行这一步，并且限制了cores的数量（64），但...
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Seurat3 学习笔记参考： 1.第六章 scRNA-seq数据分析2.初生牛犊--模仿cell research (IF 17+) 文章的一张图3.Seurat包学习笔记（一）：Guided C...
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Seurat包学习笔记（五）：Using Seurat with multi-modal data
在本教程中，我们将学习使用Seurat3分析和探索多模式数据。尽管这是一个初始版本，但我们很高兴在将来为多模式数据集的分析发布重要的新功能。 在这里，我们分析了由CITE-s...
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生信笔记系列之序列提取--根据 GTF 提取转录本
今日再来一发，根据 gtf 文件提取 fasta 序列。 其实转了一圈，才发现我做的工作，前人已经做过了，而且比我做的好。该程序类似于 cufflinks 程序中 gffre...
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GTF文件读取
GTF简介 GTF文件的全称是gene transfer format，主要是对染色体上的基因进行标注。怎么理解呢，其实所谓的基因名，基因座等，都只是后来人们给一段DNA序列...
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【RNA-seq基础】无参组装的转录本fasta转换生成gtf文件目的 一个新的物种（没有参考基因组）用Trinity从头组装得到的转录本fasta文件，需要将其转换成gtf文件 思路 用http://www.bioinformatics....
