前段时间，发表了一篇叶绿体基因组比较分析文章。尽管这类套路文已经不再热门，但在准备数据分析的过程中，仍感各种资料教程之零散，各种文章的做图工具也是令人眼花缭乱。故此，列出个人...
IP属地：香港
-
一文讲完叶绿体基因组比较分析的全部软件和配套ggplot绘图脚本 -
基因组共线用Mauve文献信息标题：Mauve: multiple alignment of conserved genomic sequence with rearrangements[http...
-
使用Paml中的Mcmctree估算物种的分歧时间
最近在做硕士毕业课题的收尾工作，正好做到了物种分歧时间的部分，虽然之前也做过，但是还是复习一遍。 1.安装Paml 2.配置带有时间校准点的系统发育树首先说明Mcmctree...
-
MCMCtree计算分化时间
目前我知道的可以做物种分化时间计算的软件主要有beast，beast2，r8s，paml的mcmctree，还有Nagy论文中的PhyloBayes (R package)。...
-
mcmctree估算物种分歧时间基因序列中的密码子随着时间的推移以几乎恒定的比例进行替换，具有恒定的演化速率，因此两个物种时间的遗传距离与物种分歧时间成正比。 本文就利用mcmctree估算物种分歧时间做一...
-
mcmctree计算分歧时间步骤2023-10-02根据mcmctree参数解读[https://www.jianshu.com/p/9f8f04768ced]，mcmctree中需要调整的参数usedata、clock、Ro...
