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深度学习驱动的基因 de novo 注释：ANNEVO / Helixer 本地部署与应用
引言 最近两款基于机器学习的基因预测软件ANNEVO和Helixer很火，实测下来确实比Agustus的表现好的不止一点。Helixer虽然可以...
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基因组组装入门到进阶：复杂多倍体基因组组装
前言 在遗传学中，二倍体常被视为“标准模型”，也是当前大多数基因组组装方法的默认假设。然而在自然界，尤其是植物中，多倍体并不罕见。事实上，许多重...
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基因组组装入门到进阶：传统二倍体基因组的染色体挂载
前言 在完成Contig 水平的二倍体基因组组装后，接下来就是基于 Hi-C 数据进行染色体挂载，将基因组进一步提升至染色体水平。 这一步通常是...
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非编码 RNA 注释实战指南：从安装到数据库，完整流程解析
前言 在早期基因组学研究中，人们往往将目光集中在编码蛋白的基因上，并将其视为遗传信息的核心载体。然而，随着高通量测序和转录组技术的发展，一个逐渐...
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GenomeSyn：迄今为止最全面的基因组共线性分析和可视化软件引言 多个基因组之间的共线性分析和可视化是基因组学重要的分析，目前能够完成上述工作的是Syri＋Plotsr，但其实还有另外一个软件“Genom...
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基因组组装入门到进阶：基于二代数据的Survey分析
引言 上一篇文章 《基因组组装入门到进阶：基因组组装原理和测序策略》，主要介绍了基因组测序与组装之前需要完成的基础准备工作，包括组装的基本原理以...
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一篇文章讲清楚基因组组装基因组组装专题 随着测序技术的不断发展，越来越多的物种的基因组成功完成了组装，其中不乏一些完整的，高质量的染色体水平的基因组。近些年甚至出现了每...
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使用Paml中的Mcmctree估算物种的分歧时间
最近在做硕士毕业课题的收尾工作，正好做到了物种分歧时间的部分，虽然之前也做过，但是还是复习一遍。 1.安装Paml 2.配置带有时间校准点的系统...
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分组转录组表达水平分析包Mfuzz的使用今天在研究一篇关于硬叶兰（Cymbidium mannii）的基因组学的文章的时候偶然发现了一个很好的分组转录组表达水平的R包Mfuzz，所以来...