Seurat_Satija

导读 在肿瘤相关研究中，一张精美的生存分析图，已经成了肿瘤研究高分文章的标配。好的临床预后效果，往往在一定程度上决定了文章发表的层次。然而对刚刚拿到一个新基因的新手来说，生存...

生信漫卷

写在前面 最近遇到一个大名鼎鼎的包叫Scanpy，用于单细胞测序的分析，不过需要在Python中运行。🫠于是，我就研究了一下如何在Rstudio中调用这个神包。 👀 这里和大...

Hayley笔记

1. 数据下载 在读Single-Cell Reconstruction of Progression Trajectory Reveals Intervention Pri...

黄甫一

适用背景 之前写了一篇文章介绍四步完成单细胞数据调控网络流程分析[https://www.jianshu.com/p/71ed43163ce1]，但生成的结果没有进行可视化，...

名本无名

前言 默认风格的 chordDiagram() 已经可以满足大部分需求了，下面我们介绍一些更高级别的图形配置 使用 1. 轨迹的排布 chordDiagram() 函数默认会...

嘿嘿嘿嘿哈

本节概览：1.GSVA简单介绍2.基因集的下载读取: 手动与msigdbr包下载3.GSVA的运行4.limma差异分析5.GSVA结果可视化：热图、火山图、发散条形图/柱形...

Hayley笔记

1. Kaplan-Meier生存分析 Kaplan Meier是一种单因素生存分析，它可用于研究1个因素对于生存时间的影响。参考：生存分析之Kaplan-Meier曲线都告...

jjjscuedu

轨迹推断/分析是研究细胞动力学的重要方法，它是单细胞研究应用中一种常见的手段。目前已经开发出了大量的轨迹分析算法，最常用是monocle系列（前面我们介绍的也有），这些算法都...