PASA[http://pasa.sourceforge.net/], acronym for Program to Assemble** S**pliced Alignme...
发简信
IP属地：湖北
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基于PASA进行基因预测
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基因注释：基于SNAP+Augustus+GeneMark的maker3 pipeline
我使用的maker版本为3.01.04 第一轮：将已知基因比对到基因组 包括两个部分：🔸屏蔽重复序列🔸将已知的转录组/蛋白序列与基因组进行比对 1.（可选）构建自定义重复序列...
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用k-mer分析进行基因组调查：（一）基本原理（全文5058字） 【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+GenomeS...
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@百乐霂飕 CDS
WGD（全基因组复制）分析——Ka/Ks及4Dtv值计算
一、4Dtv（四倍简并位点颠换率）的定义 4DTV stands for four-fold synonymous (degenerative) third-codon tr...
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RNA-Seq data analysis数据准备 数据来源 测序下机数据 直接进行质控和后续分析； 已发表数据 以“The PP2A-interactor TIP41 modulates ABA responses...
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@Amant_8bb4 应该还是ete3模块的问题，你的python版本是多少? 可视化需要python3的环境
基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）
一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
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@padingtoon 嗯嗯，是的，有些基因组可能没有做可变剪切的注释，所以这部分信息就没有
基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）
一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
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@padingtoon 这个脚本是根据ID来区分不同转录本的，通常一个基因有多个转录本，ID会用".1"、".2"等来区分，所以这个脚本识别ID的时候是用"."来切分的，对于同一ID的不同转录本，取最长的那个。可能不同基因组有自己的命名方式，这个需要根据实际情况做调整。希望对你有帮助~
基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）
一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
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Seurat 4.0 || WNN整合scRNA和scATAC数据前情回顾 Seurat 4.0 ||单细胞数据分析工具箱有更新[https://www.jianshu.com/p/48e4f61e3a84]Seurat 4.0 ||单细胞...
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RNA-seq(10):KEGG通路可视化:gage和pathview这部分直接从上部分RNA-seq(9):富集分析(功能注释)[https://www.jianshu.com/p/5d82acad6008]的数据而来，当然如果你上部分数据存...
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@BonesAQ 通常应该会有gtf或CDS文件，自己转换下就行了
基因家族扩张与收缩分析及物种进化树构建（上）
一、数据准备 首先，选取不同物种的Protein数据集：Arabidopsis_thaliana.fa；Citrus_grandis.fa；Dimocarpus_longan...
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葡萄性别决定的遗传基础今天分享一篇来自nature communications的文章：The genetic basis of sex determination in grapes Masso...
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miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】该教程分为2部分，第1部分在：miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】 到此时，原始...
