PASA[http://pasa.sourceforge.net/], acronym for Program to Assemble** S**pliced Alignme...
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基于PASA进行基因预测
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基因注释：基于SNAP+Augustus+GeneMark的maker3 pipeline
我使用的maker版本为3.01.04 第一轮：将已知基因比对到基因组 包括两个部分：🔸屏蔽重复序列🔸将已知的转录组/蛋白序列与基因组进行比对 1.（可选）构建自定义重复序列...
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用k-mer分析进行基因组调查：（一）基本原理（全文5058字） 【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+GenomeS...
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Seurat 4.0 || WNN整合scRNA和scATAC数据前情回顾 Seurat 4.0 ||单细胞数据分析工具箱有更新[https://www.jianshu.com/p/48e4f61e3a84]Seurat 4.0 ||单细胞...
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RNA-seq(10):KEGG通路可视化:gage和pathview这部分直接从上部分RNA-seq(9):富集分析(功能注释)[https://www.jianshu.com/p/5d82acad6008]的数据而来，当然如果你上部分数据存...
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miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】该教程分为2部分，第1部分在：miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】 到此时，原始...
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miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【一】该教程分为2部分，第2部分在：miRNA-seq小RNA高通量测序pipeline：从raw reads，鉴定已知miRNA-预测新miRNA，到表达矩阵【二】 因为之前碰到...
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FDR-P值是什么东西！
概念 FDR，Q value，adjust p valuep-value：衡量一次检验假阳性率的指标（False positive rate） ；q value：衡量错误发现...
