皓月无凡

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Motif和domain的区别

Protein domain： 结构域的概念由Wetlaufer于1973年首次提出，他定义结构域为可以自动折叠的稳定的蛋白质结构单位。过去，结构域被描述为，折叠单位，致密结...

Y大宽

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皓月无凡 ·

ZFNs = 特异性的锌指蛋白ZFPs +非特异性的核酸酶FokⅠ。ZFPs(锌指蛋白) 是一类真核生物中普遍存在的基因转录调控因子，在基因的表达调控、细胞分化、胚胎发育和增强植物抗逆性等方面起非常重要的作用。
锌指蛋白特异识别和结合DNA 是由于锌指的α-螺旋嵌入到DNA分子的大沟中直接同核苷酸的碱基发生作用，α-螺旋上的-1~+6 位上的氨基酸残基赋予了锌指对DNA 识别的特异性，其中-1、3、6氨基酸可以识别位于DNA 同一条链上3' 到5' 方向连续的3 个碱基。这样每个锌指单元可以识别3 个连续的碱基，理论上替换锌指α- 螺旋上关键的氨基酸残基，保持锌指的基本骨架不变，就可以产生识别不同序列的特异锌指单元。将这些单元串联在一起就可以形成与长DNA 序列结合且具有特定靶向性的锌指蛋白。人工构建的锌指蛋白通常由3~6 个C2H2型锌指单元串联组成，识别DNA 链上相连续的9~18 bp 碱基，锌指核酸酶的另一个组成元件是非特异的FokⅠ核酸酶，该酶是IIS型的限制性内切酶，只在二聚体状态时才具有酶切活性，每个锌指蛋白与FokⅠ融合构成一个锌指酶单体(ZFN)，识别特定的DNA位点。当两个单体识别的DNA 位点相距合适的距离时(6~8 bp)，两个锌指酶单体产生酶切功能，从而对DNA 双链产生剪切并引起靶位点DSBs。DSBs 诱发真核细胞的DNA 损伤修复机制，通过NHEJ 修复DSBs，可能造成在DNA 靶位点随机性的碱基的插入或缺失等，引起基因序列的改变，从而实现基因的靶向敲除。

Smile_c1a3 评论自来自Addgene的CRISPR指南（1）

皓月无凡 ·

TALENs= 特异性的TALE 蛋白（结合DNA）+ FokⅠ核酸酶。TALEs 蛋白分子结构包含有N- 端转运信号(translocation signal)；C- 端含核定位信号NLSs (nuclear localization signals)和酸性转录激活域AD (acidic activation domain)；以及中间串联重复区，中间的串联重复区则由多个串联排列的重复序列单元组成，每个重复序列单元一般含33~35 个高度保守的氨基酸，其中第12 位和第13 位氨基酸可变，被称为重复可变双残基RVD(repeat-variable di-residue)。基于TALEs 蛋白中的RVD 的两个氨基酸特异识别和结合一个碱基的原则，因此，如果TALE 要特异识别和结合某一核酸序列(靶位点)，理论上可以按照靶位点的序列，将多个对应TALE 重复单元经过串联就可以定制出特异识别DNA 序列的TALE 蛋白，在TALE 蛋白的C 端融合一个非特异的核酸内切酶FokⅠ就构成了可以用于靶向基因组编辑的TALEN 单体。TALENs 技术对生物基因组特定位点产生剪切作用与ZFNs 类似，由两个TALE 蛋白识别和结合DNA 靶位点，FokⅠ核酸酶负责对靶DNA 进行切割，从而造成DNA 的DSBs，诱发细胞的DNA损伤修复机制，从而实现对基因组靶位点的编辑。
TALENs 的合成与组装相对于ZFNs 要简单和灵活，其关键是要合成TALE 蛋白串联重复区的编码DNA 序列，理论上将多个TALE 重复单元编码的DNA 序列通过多次连接即可实现，但是要合成这种高度重复序列也具有一定的困难和挑战。

Smile_c1a3 评论自来自Addgene的CRISPR指南（1）