更正：据泛素之间的连接位点，分成9类
蛋白质经泛素-蛋白酶体降解研究基本思路（图文详解）泛素和泛素化介绍 泛素 泛素为含76个氨基酸、大小约为8.6 kDa的小蛋白质，在真核生物中普遍存在且高度保守。人类基因组中的四个基因编码泛素：UBB，UBC，UBA52和R...
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珠江医院肿瘤科简书号，同时也欢迎大家关注我们的微信号！
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2022年，鱼跃龙门！积极主动，逆天改命！
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基因编辑如何换药不换汤
To destroy is easier than to create，摧毁总比创造要简单，这句话转换到基因编辑上就是：knockout比knock in容易。因为knock...
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CRISPR-Cas gRNA设计到底该选哪个工具？？
自从开始分享自己的CRISPR-Cas9学习笔记和记录之后，收到了很多很有用的Tips以及一些未曾思考过的问题。分享学习笔记是一个非常好的学习方法，因每个人的背景知识、思维逻...
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@冻春卷
更感谢小姐姐能分享出如此详细的笔记！
CRISPR-Cas9学习笔记
1. 背景 看到基因编辑技术这个题目，就想到这几个问题是什么？有什么分类？各有何不同？有什么用？优缺点？选择的依据？先看中文文章可以快速了解背景，而后根据实验设计需求，钻研好...
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个性化生信分析
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我只是知识的搬运工~
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emmm，你参考的博客有点错误，tracrRNA并不是在重复区转录的，而是在cas序列上游的一段DNA区域。
CRISPR-Cas9学习笔记
1. 背景 看到基因编辑技术这个题目，就想到这几个问题是什么？有什么分类？各有何不同？有什么用？优缺点？选择的依据？先看中文文章可以快速了解背景，而后根据实验设计需求，钻研好...
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emm，有一些问题，利用CRISPR进行基因编辑，也不一定都是错配呀，不是会有很多插入或缺失造成的移码突变，而且单纯错配好像对蛋白的影响并不是很大，此外，在PCR的过程中，很多错配不应该都被“修复”消失了吗？那么这么T7 EI的验证是否有意义呢？
CRISPR/Cas9基因敲除实验全记录（5）293FT细胞转染验证 and trouble shooting
前期记录 先确定目标基因CRISPR/Cas9基因敲除实验全记录（1）然后对目的基因进行背景调查CRISPR/Cas9基因敲除实验全记录（2）磨刀不误砍柴工设计sgRNA及引...
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小姐姐可能把磷酸酶和激酶搞混了，磷酸酶是去磷酸化的，激酶是磷酸化的。NCBI_PTEN原文：this protein preferentially dephosphorylates phosphoinositide substrates.
CRISPR/Cas9基因敲除实验全记录（2）磨刀不误砍柴工
接前 CRISPR/Cas9基因敲除实验全记录（1）[https://www.jianshu.com/p/f9ed2e8fed6c]上周我写了挑选靶基因的相关工作，但仅仅是查...
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我看了小姐姐所有的文章，关于ZFNS和TALENS的说法不太严谨。这两种技术用的核酸酶（Fok I）是非特异性的，需要设计的是锌指蛋白和TALE蛋白。
来自Addgene的CRISPR指南（1）
网络世界的发展造成了现在的信息爆炸，只要真心想学，我们能在网上找到各式各样的学习资料。但资料越多，却越迷惑。随着最近对CRISPR的进一步了解，我愈发感受到自己对这个技术的稚...
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ZFNs = 特异性的锌指蛋白ZFPs +非特异性的核酸酶FokⅠ。ZFPs(锌指蛋白) 是一类真核生物中普遍存在的基因转录调控因子，在基因的表达调控、细胞分化、胚胎发育和增强植物抗逆性等方面起非常重要的作用。
锌指蛋白特异识别和结合DNA 是由于锌指的α-螺旋嵌入到DNA分子的大沟中直接同核苷酸的碱基发生作用，α-螺旋上的-1~+6 位上的氨基酸残基赋予了锌指对DNA 识别的特异性，其中-1、3、6氨基酸可以识别位于DNA 同一条链上3' 到5' 方向连续的3 个碱基。这样每个锌指单元可以识别3 个连续的碱基，理论上替换锌指α- 螺旋上关键的氨基酸残基，保持锌指的基本骨架不变，就可以产生识别不同序列的特异锌指单元。将这些单元串联在一起就可以形成与长DNA 序列结合且具有特定靶向性的锌指蛋白。人工构建的锌指蛋白通常由3~6 个C2H2型锌指单元串联组成，识别DNA 链上相连续的9~18 bp 碱基，锌指核酸酶的另一个组成元件是非特异的FokⅠ核酸酶，该酶是IIS型的限制性内切酶，只在二聚体状态时才具有酶切活性，每个锌指蛋白与FokⅠ融合构成一个锌指酶单体(ZFN)，识别特定的DNA位点。当两个单体识别的DNA 位点相距合适的距离时(6~8 bp)，两个锌指酶单体产生酶切功能，从而对DNA 双链产生剪切并引起靶位点DSBs。DSBs 诱发真核细胞的DNA 损伤修复机制，通过NHEJ 修复DSBs，可能造成在DNA 靶位点随机性的碱基的插入或缺失等，引起基因序列的改变，从而实现基因的靶向敲除。来自Addgene的CRISPR指南（1）
网络世界的发展造成了现在的信息爆炸，只要真心想学，我们能在网上找到各式各样的学习资料。但资料越多，却越迷惑。随着最近对CRISPR的进一步了解，我愈发感受到自己对这个技术的稚...
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TALENs= 特异性的TALE 蛋白（结合DNA）+ FokⅠ核酸酶。TALEs 蛋白分子结构包含有N- 端转运信号(translocation signal)；C- 端含核定位信号NLSs (nuclear localization signals)和酸性转录激活域AD (acidic activation domain)；以及中间串联重复区，中间的串联重复区则由多个串联排列的重复序列单元组成，每个重复序列单元一般含33~35 个高度保守的氨基酸，其中第12 位和第13 位氨基酸可变，被称为重复可变双残基RVD(repeat-variable di-residue)。基于TALEs 蛋白中的RVD 的两个氨基酸特异识别和结合一个碱基的原则，因此，如果TALE 要特异识别和结合某一核酸序列(靶位点)，理论上可以按照靶位点的序列，将多个对应TALE 重复单元经过串联就可以定制出特异识别DNA 序列的TALE 蛋白，在TALE 蛋白的C 端融合一个非特异的核酸内切酶FokⅠ就构成了可以用于靶向基因组编辑的TALEN 单体。TALENs 技术对生物基因组特定位点产生剪切作用与ZFNs 类似，由两个TALE 蛋白识别和结合DNA 靶位点，FokⅠ核酸酶负责对靶DNA 进行切割，从而造成DNA 的DSBs，诱发细胞的DNA损伤修复机制，从而实现对基因组靶位点的编辑。
TALENs 的合成与组装相对于ZFNs 要简单和灵活，其关键是要合成TALE 蛋白串联重复区的编码DNA 序列，理论上将多个TALE 重复单元编码的DNA 序列通过多次连接即可实现，但是要合成这种高度重复序列也具有一定的困难和挑战。来自Addgene的CRISPR指南（1）
网络世界的发展造成了现在的信息爆炸，只要真心想学，我们能在网上找到各式各样的学习资料。但资料越多，却越迷惑。随着最近对CRISPR的进一步了解，我愈发感受到自己对这个技术的稚...
更感谢小姐姐能分享出如此详细的笔记！
