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lie to brain
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重复单细胞it-ChIP文章小图Tips: 最近看单细胞ChIP-seq 文章一个图，本来作者用base plot 画的，因此尝试用ggplot2 画出base plot 风格。 图表达意思：在小鼠胚胎发育...
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这几组方法筛选 交集几乎没有。这是合理的嘛
WGCNA:使用模拟数据来评估不同的模块检测方法和基因筛选方法
原文链接：Simulated-07-Membership.pdf (ucla.edu)[https://horvath.genetics.ucla.edu/html/Coex...
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有R语言版本吗？
根据表达量排序，并输出不同表达量区段的基因
I have a file with two tab-separated columns. The first column contains IDs and the sec...
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上下调基因难度不可能富集到同一个通路吗？
一行代码搞定上下调基因分别富集
我们经常遇到上下调基因分别做富集分析(GO,KEGG)，并且整合在同一张条形图中。 常规的想法就是分上下调基因分别做富集分析，使用ggplot包，设置因子，计算双向的log1...
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有新增方案哦sigscore
GSA、GSEA、ssGSEA、GSVA的算法原理及它们的联系与区别
一、 简述 为了从基因的表达水平中得到更加具体直观的生物学功能变化的信息，多种基于已知的基因集的分析方法应运而生。其中，基因集分析（Gene Set Analysis...
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可以做配对的嘛
R语言~绘制对半小提琴图
最近，众多学术期刊上开始出现一些让人眼前一亮的高颜值小提琴图。在网上搜罗一番，发现，规范的称呼应该是split violin。直译有点太抽象了，暂且译为对半小提琴吧。 该功能...
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大佬 有公众号吗？
R中完成PSM，CBPS，IPTW，Doubly robust estimation总结
前段时间在帮女朋友做基于MIMICIII的临床数据分析，需要用到倾向性分析，下面总结一下个人在这个过程中积累的知识和学习的R包。1.什么是倾向性分析：2.PSM，CBPS，I...
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STAR +RSEM 组合还是可以的
RSEM错误解决：The SAM/BAM file declares less reference sequences (25)
不管是STAR，还是RSEM，都是第一次使用，所以在使用过程中难免摸着石头过河，犯了各种错误。 接下来是使用RSEM过程中遇到的一个小错误和解决办法，记录下来，加深印象。 一...
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使用deeptools将bam文件转换为bw文件整理ChIP-seq / CUT & Tag 分析时用到的工具。本文只对使用的工具用法进行简单介绍。 deeptools 提供两个bam转换为bw的命令，分别是bamCove...
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累计经验分布的显著性其实就是两组基因集的差异也可以用箱式图绘制。只是借助了ks检验
R绘图 | 两组genes的累积曲线分布比较！
出发点： 源自Single cell RNA sequencing to dissect the molecular heterogeneity in lupus nephr...
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你好 请问下 msigdb怎么加入模型
[Paper] || 基因embedding Gene2vec: distributed representation pf genes based on co-expression
一句话总结：将有共表达的基因对当作上下文（context)，利用Skip-Gram模型做gene embedding。 问题背景 NLP的一个动机是希望把文本转换成带有语义信...
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GSA、GSEA、ssGSEA、GSVA的算法原理及它们的联系与区别一、 简述 为了从基因的表达水平中得到更加具体直观的生物学功能变化的信息，多种基于已知的基因集的分析方法应运而生。其中，基因集分析（Gene Set Analysis...
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